Sasayama’s Weblog


2007/01/29 Monday

鳥インフルエンザ感染と、ハエ

Filed under: 未分類 — 管理人 @ 10:31:39

2007/01/29(Mon)
 
null今回の青海株の日本への伝染が、渡り鳥によるものとしても、では、どうして、渡り鳥の入り込めない鶏舎内にまで、入ってきてしまったのか、については、なぞが残っているのですが、専門家の中では、ハエが、二次的な役割をしているのではないかと、される方もあるようです。

サイト「2004年高病原性鳥インフルエンザ国内流行地で採集されたクロバエ(blow fly)類からのH5N1亜型インフルエンザウイルスの検出と分離」は、国立感染症研究所の研究ですが、ここにおいては、大分県九重町と京都府丹波町で冬季に活動するハエ類の採集を行い、それら採集個体からH5N1亜型インフルエンザウイルスの検出と分離を試みたところ、オオクロバエ、ケブカクロバエの一定割合から、H5N1(A/blow fly/Kyoto/93/2004)が、検出されたとしています。

また、昨年9月に、インドネシア・ジョクジャカルタのジャマダ大学(Universitas Gadjah Mada)で、同様に、ハエに鳥ウイルスが付着していたのを発見したとの報道もあったようです。

これは、ジャマダ大学のWasito氏の研究によるもので、ここでは、ハエの消化器官や呼吸器官から、ウイルスを検出したとのことです。(ただし、このときのウイルスは、まだ、「The Influenza Sequence Database」には、登録されていないようですね。
氏がジャカルタポスト紙に語った記事では、『犬も猫も、あるいは、ハエでさえも、鳥インフルエンザウイルスに感染する可能性がある。』『われわれの研究では、ハエは、H5N1ウイルスのmechanical transmitter(伝達機構)たりうることを示唆している。』( Our results suggest it is possible that blow flies could become a mechanical transmitter of H5N1 influenza virus. )と語っているようです。)
参照「Scientist warns of bird flu in flies
Cats and Dogs and Flies, Oh My!

では、ウインドウレス(ウインドレス)ではどうかというと、これについても、以前、私のブログ記事「ウインドウレス鶏舎に対する防疫上の特別扱いは、やめるべし。」でも述べたように、開放鶏舎や放し飼い鶏舎に比べ、感染リスクは低いとはいえ、吸気部分のメッシュは、ハエの侵入を防ぐほど、細かくはない、ということのようです。

さらには、ウインドレスの換気方式には、陽圧換気・陰圧換気など、いろいろな種類はあるものの、ウインドレス鶏舎の本来の目的は、寒冷地の防寒と光線管理であり、もともと防疫専用目的には機能していないという意見もあるくらいです。

Avian Influenza (Bird Flu): Agricultural and Wildlife Considerations 」では、感染の可能性として、次の要因を挙げているようです。

1.鳥同士が近接している場合は、空気感染もありうる。
2.呼吸器分泌物や糞などの汚物への直接的接触。
3.垂直感染は、起こっていない。
4.鶏の集団内では、次の感染要素がある。
インキュベーター内で卵が壊れた場合、雛への感染がある。
感染した鶏が、集団内を移動することによる感染拡大。
汚染設備や、従業員の衣類・靴など感染の媒介となるものの、集団内移動
野生の鳥や水鳥への接触
飲み水の糞による汚染
鶏舎内のハエ

このうち、最後の「鶏舎内のハエ」については、「Garbage flies (suspected of transmitting the virus during the 1983-1984 epidemic in Pennsylvania) 」とあり、「1983年から1984年にかけての、ペンシルベニア州でのH5N1(A/Gull/Pennsylvania/4175/83)感染拡大の原因と推測される。」とあります。

このペンシルベニアでの事例について、このサイト「Wishful Thinking」では、「鳥インフルエンザウイルスの汚染された池の水が、地下水に滲み出してきた。」としていますが、これでは、やや、推測に難があるようにも見えます。


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2007/01/25 Thursday

青海湖のH5N1株は、どのようなコースをたどって、日本にたどり着いたか?

Filed under: 未分類 — 管理人 @ 10:29:14

2007/01/25(Thu)
 
null「中国の青海湖のH5N1株は、どのようなコースをたどって、日本にたどり着いたか?」
というような、お問い合わせが数多くありますので、わかりやすい地図を下記に示しておきます。

地図は、ここです。」
H5N1 Wild Bird Flu Outbreaks February 2006」より引用

地図のマークについて
青色2005/05 ⇒橙色2005/07 ⇒黄色2005/07⇒緑色2005/08/15⇒赤色2005/08/31⇒紫色2005/09⇒白色2005/10⇒空色2005/11⇒灰色2005/12⇒褐色2006/01⇒2006/02さび色

まず、地図の真ん中の青丸が青海湖の場所で、これが、一端、シベリアやモンゴルに北上してから、二手に分かれて南下し、

^貶は、バルカン半島を経て、ヨーロッパに渡り、ここからさらに南下してアフリカ・エジプトに渡るものと、

△發Π貶は、中国北東部や韓国や日本へと、南下するコースと
があります。

null左記の地図が中国の地図で、中心の赤い地域が、青海湖で、ここから、拡大していったというわけですね。

2005年5月4日の青海湖でのH5N1発生時の混乱した模様が、私の2005年5月23日のブログ記事「ヒト感染の鳥インフルエンザは、本格的に世界流行の段階へ突入」に書かれていますので、ご参照ください。

まあ、この時点で、このブログ記事で予測したことが、その後、すべて当たってしまったというのは、皮肉な結果ですが。

これを、感染の年月日別に並べますと、下記のとおりです。
なお、中国内での感染については、一部、青海株だけでなく、福建株も、含みます。

2005/05-中国・青海省 剛察縣⇒
2005/06-中国・新疆 塔城地區⇒
2005/08-モンゴル、カザフスタン、ロシア、中国・西藏自治區 拉薩市⇒
2005/10-トルコ、ルーマニア、クロアチア、インド、中国・內蒙古自治區 呼和浩特市、安徽省 天長市、湖南省 湘潭縣⇒
2005/11-中国・遼寧省、山西省、湖北省、新疆維吾爾(ウイグル)自治區 、湖北省 、寧夏回族自治區、雲南省⇒
2005/12-ウクライナ、中国・広西省、江西省、福建省⇒
2006/01-イラク、中国・四川省・成都⇒
2006/02-ギリシャ、イタリア、フランス、ドイツ、オーストリア、グルジア、ナイジェリア、ニジェール、エジプト、スイス、ハンガリー、ブルガリア、スロベニア、スロバキア、ボスニア・ヘルツェゴビナ、イラン、パキスタン、中国・浙(せっ)江省⇒
2006/03-アフガニスタン、イスラエル、パレスチナ、ヨルダン、カメルーン、アルバニア、アゼルバイジャン、セルビア・モンテネグロ、ポーランド、デンマーク、チェコ、中国・広東省、上海⇒
2006/04-ブルキナファソ、コートジボアール、ジプチ、イギリス⇒
2006/06−中国・深圳(深せん)⇒
2006/07-スペイン⇒
2006/10-スーダン⇒
2006/11-韓国⇒
2007/01-日本⇒?

そのほかに、参考資料としては、
中国・鳥インフルエンザの発生時期と発生市町村名一覧
や、
サイト「世界の鳥インフルエンザ感染分布図

禽流感地区分布示意図

中国人感染禽流感疫情分布図
もご参照

以上のように、青海株が、世界を駆け巡ったことは、わかりましたが、そもそも、この青海株が、どこから来たのか、については、依然、なぞに包まれているようですね。

わずかに、「Probable H5N1 in Sicily Italy」など、Recombinomicsの記事において、この青海株のオリジンは、インドにあるとしているのですが、そのインドにおいて、肝心のウイルスの検出ができていないようですね。

ちなみに、「Bird Flu in Migrating Bar Headed Geese from India」では、2005年5月に中国・青海湖で発見された鳥インフルエンザは、インド北平原からの渡り鳥によるものとの見方をしており、2005年2月に、インドの Uttar Pradesh地域での豚、ヒト、孔雀の感染や、ニューデリーでのヒトの髄膜炎(流行性脳脊髄膜炎)の流行と関連があるとしています。

また、2002年には、インドで、家禽や家禽従事者から集めた血清が陽性であったことも、関係しているのではないかとみています。

インドでは、2002年に、3人の家禽従事者の血清から、H5N1抗体が見つかったことを、最近になって認めているからです。

これらの人は、当初髄膜炎の疑いで、診断を受けたものとのことです。

しかし、これらの推論とても、確証があるわけではなく、まだまだ、なぞは、続くようです。

日本への青海株の伝播ルートにしても、渡り鳥による感染としても、それが、モンゴルからの直行なのか、韓国経由の各駅停車のものなのか、それとも、青海湖直送のものなのか、まだ、わからないことが多そうですね。

何やら、大乗・小乗の仏教伝来の話のようになって来ましたが。

青海株の進化については、「H5N1 Evolution Via Recombination in China」をご参照
青海湖株とされるウイルス一覧(2006年6月時点)は、こちらのサイト『Qinghai H5N1 Bird Flu Sequences in Bali Indonesia』をご参照

なお、青海株ではない株による感染国としては、上記の福建株による中国での感染のほか、次のものがあります。

ベトナム(2004/01)、
タイ(2004/01)、
カンボジア(2004/01)、
インドネシア(2004/01)、
ラオス(2004/01)、
マレーシア(2004/05)、
ミャンマー(2005/03)

また、これ以外のH5N1発生例としては、代表例としては、次のものがあります。

スコットランド
1959年 
A/chicken/Scotland/1959

アメリカ
1966年 
A/turkey/Ontario/7732/66 、
1975年 
A/Mallard/Wisconsin/428/75 、
1981年 
A/Duck/Minnesota/1525/81 、
1983年 
A/Gull/Pennsylvania/4175/83 、 

イギリス
1991年 
A/Turkey/England/50-92/91 、

中国

1996年 
広東省A/Goose/Guangdong/1/96 、

1997年 
湖北A/chicken/Hubei/wh/1997 、

1999年 
広西チワン自治区 A/duck/Guangxi/07/1999 、

2000年 
華東 A/Goose/Huadong/1/2000 、 福建 A/duck/Fujian/19/2000 、 広東省 A/duck/Guangdong/07/2000 、浙江 A/duck/Zhejiang/11/2000など、

2001年 
安寧 A/Duck/Anyang/AVL-1/2001 、湖北 A/chicken/Hebei/718/2001 、広東 A/chicken/Guangdong/1/2001 、建徳 A/chicken/Jiande/1218/2001 、福建 A/duck/Fujian/17/2001 、広西壮族自治区 A/duck/Guangxi/50/2001 、モンゴル A/duck/Mongolia/54/01-duck/Mongolia/47/01 、上海 A/duck/Shanghai/08/2001 、開封 A/duck/kaifeng/1/01 など、

2002年 
中国 A/chicken/China/1/02 、湖北 A/chicken/Hebei/108/02 、江蘇 A/chicken/Jiangsu/cz1/2002、吉林省 A/chicken/Jilin/hg/2002 、鄭州 A/chicken/zhengzhou/1/02 、福建 A/duck/Fujian/01/2002、広東 A/duck/Guangdong/22/2002 、広西壮族自治区 A/duck/Guangxi/53/2002 、上海 A/duck/Shanghai/35/2002、浙江省 A/duck/Zhejiang/bj/2002 、湖南 A/quail/yunnan/092/2002 、A/ostrich/HeNan/14/2002 、雲南 など、

2003年
A/Ck/ST/4231/2003 、A/Dk/HN/5806/2003 、湖北 A/chicken/Hubei/wn/2003 、A/chicken/Jilin/ha/2003 、A/chicken/jiyuan/1/03 、A/chicken/luohuo/3/03 、A/duck/China/E319-2/03、A/duck/Shantou/4610/2003 、A/goose/Fujian/bb/2003 、A/swine/Shandong/2/03 など、

2004年
A/Chicken/Guang xi/12/2004 、A/Chicken/Hu bei/14/2004 、A/Ck/YN/115/2004 、A/Dk/HN/101/2004 、A/Duck/Guang xi/13/2004 、A/Ph/ST/44/2004 、A/babbler/Fujian/320/04 、A/chicken/China/1204/04 、A/chicken/Guangdong/174/04 、A/chicken/Henan/01/2004 、A/chicken/Macheng/2004 、A/chicken/Shandong/K01/2004 、A/chicken/Yichang/lung-1/04 、A/goose/Huadong/220/2004 、A/swine/Anhui/ca/2004 、A/tree sparrow/Henan/1/2004 など、

香港

1997年 
A/Chicken/Hong Kong/220/97 など
1998年 
A/Hong Kong/97/98 など、
1999年 
A/Environment/Hong Kong/437-10/99 など、
2000年 
A/Duck/Hong Kong/2986.1/2000 など、
2001年 
A/Chicken/Hong Kong/317.5/2001 など、
2002年 
A/Ck/Hong Kong/31.2/2002 など、
2003年 
A/CK/Hong Kong/YU357/03 など
2004年 
A/grey heron/Hong Kong/837/2004 、A/peregrine falcon/Hong Kong/D0028/2004など、

タイ

2004年 
A/Chicken/Nakorn-Patom/Thailand/CU-K2/2004、A/Chicken/Thailand/73/2004 、A/Kalji Pheasant/Bangkok/Thailand/CU-18/04 、A/Prachinburi/6231/2004 、A/chicken/Kamphaengphet-2-02/2004、A/chicken/Nakhon Pathom/Thailand/CU-14/04、A/chicken/Nakornsawan-2-02/2004 、A/chicken/Phetchabun-2-01/2004 、A/chicken/Phitsanulok-2-01/2004 、A/chicken/Ratchaburi/Thailand/CU-68/04 、A/chicken/Saraburi/Thailand/CU-17/04、A/chicken/Sukhothai-2-01/2004 、A/chicken/Uthaithani-2-01/2004 など、

ヴェトナム

2001年 
A/Goose/Viet Nam/113/2001 など、
2002年 
A/Duck/Viet Nam/Ncvd1/2002 など
2003年 
A/Chicken/Viet Nam/Ncvd8/2003 など
2004年 
A/Chicken/Viet Nam/1/2004 、A/Hanoi/03/2004 、A/chicken/Viet Nam/AG-010/2004 など、
2005年 
A/Chicken/Viet Nam/NCVD10/2005 など、

インドネシア

2003年
A/Chicken/Indonesia/11/2003 、A/chicken/Pekalongan/BPPV4/2003 、A/chicken/Sragen/BPPV4/2003 、A/chicken/Wonosobo/BPPV4/2003 など、
2004年
A/Ck/Indonesia/4/2004 、
A/chicken/Bangli Bali/BPPV6-2/2004 、A/chicken/Denpasar/01/2004 、A/chicken/Jembrana/BPPV6/2004 、A/chicken/Kulon Progo/BBVet-XII-1/2004 、A/chicken/Kupang-1-NTT/BPPV6/2004 、A/chicken/Malang/BBVet-IV/2004 、A/chicken/Mangarai-NTT/BPPV6/2004 、A/chicken/Ngawi/BPPV4/2004 、A/chicken/Pangkalpinang/BPPV3/2004 、A/chicken/Purwakarta/BBVet-IV/2004 、A/chicken/Yogjakarta/BBVet-IX/2004 など、
2005年
A/Chicken/Agam/BBPVI/2005 、A/Chicken/Deli Derdang/BBPVI/2005 、A/Chicken/Langkat/BBPV1-576/2005 、A/Chicken/Medan/BBPV1-571/2005 、A/Chicken/Murao Jambi/BBPV-II/2005 など、

カンボジア

2004年 
A/chicken/Cambodia/1/2004 など、
2005年 
A/Cambodia/JP52a/2005 など、

マレーシア
2004年 
A/chicken/Malaysia/01/2004 など、

ラオス
2004年 
A/Chicken/Laos/44/2004 など、

ベルギー
2004年 
A/crested eagle/Belgium/01/2004 など、

南アフリカ
2004年 
A/duck/South Africa/811/2004 など、

韓国
2003年
A/Chicken/Korea/es/2003 など

日本
2003年 
A/duck/Yokohama/aq10/2003

2004年 
A/Chicken/Yamaguchi/7/2004A/chicken/Kyoto/3/2004A/blow fly/Kyoto/93/2004A/crow/Kyoto/53/2004A/chicken/Oita/8/2004A/crow/Osaka/102/2004A/duck/Hokkaido/Vac-1/04など、

このうち、最初のA/duck/Yokohama/aq10/2003;横浜株 は、2003年5月に中国から日本に輸入されたアヒル肉から検出されたものです。
輸入アヒル肉からの新規遺伝子型H5N1鳥インフルエンザウイルスの分離」参照

最後のA/duck/Hokkaido/Vac-1/04は、よくわかりませんが、北海道大学の喜田教授の関係のようですね。

その他のウイルスのシーケンスについては、「The Influenza Sequence Database」をご参照


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2007/01/23 Tuesday

韓国でいっそう高まるH5N1渡り鳥感染源説

Filed under: 未分類 — 管理人 @ 10:58:15

2007/01/23(Tue)
 
null韓国の二度目の鳥インフルエンザ感染地の天安市から2キロ離れた、隣接する忠清北道清原郡の美湖川(韓国語で「미호천」)で、マガモ(韓国語では「청둥오리 」)(Anas platyrhynchos)の糞などの分泌物からH5N1が検出されたことで、昨年来の鳥インフルエンザ感染も、渡り鳥(韓国語で「철새」)によるものではなかったのか、という観測がいっそう高まっている。

その理由として、昨年から今年にかけての鳥インフルエンザ感染地の近くには、いずれも、渡り鳥の大きな飛来地があるということだ。

すなわち、昨年、第一次に発生した益山市咸悦邑惜売里(韓国語で「익산시 함열읍 석매리」)と、第二次に発生した益山市黄登面(韓国語で「익산시 황등면」)は、いずれも、渡り鳥の終結基地である錦江(韓国語で「금강」)とは、10キロメートル余しか離れておらず、第三次に発生した金堤市孔徳面(韓国語で「김제시 공덕면」)も、渡り鳥の集結基地である万頃江(マンギョンガン、韓国語で「만경강」)と接しており、第四次発生地である牙山市湯井面(韓国語で「아산시 탕정면」)も、渡り鳥が多くくる曲橋川(韓国語で「곡교천」)に近い。

今回の第五次に発生の天安市 豊歳面(韓国語で「천안시 풍세면 」)の農家は、豊歳川(韓国語で「풍세천」)と100メートルの距離にある。

このようなことから、韓国当局としては、渡り鳥の観察だけでなく、これら感染した渡り鳥の排泄物と接触する可能性のある鵲・雀・鳩など留鳥に対する監視も、強める構えのようだ。
参照「철새 도래지 주변 집중발생 … 방역당국 긴장


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2007/01/21 Sunday

鳥インフルエンザ-「日本・韓国・モンゴル」のトライアングル-

Filed under: 未分類 — 管理人 @ 10:34:49

2007/01/21(Sun) 08:29
 
null韓国の忠清南道天安市(韓国語で「천안시」)豊歳面の養鶏場で1月20日、高病原性鳥インフルエンザの発生が確認された。

昨年12月に忠清南道牙山市」(韓国語で「아산시」)で高病原性鳥インフルエンザが確認されて以来、5番目の発生だ。

このサイト「H5N1 in Central South Korea」によると、この昨年から今年にかけての、韓国と日本での鳥インフルエンザ発生の状況が、2003年12月から 2004年 1月にかけての鳥インフルエンザの状況と酷似しているとしている。

このときも、2003年12月に韓国で鳥インフルエンザが発生し、2004年1月に日本の山口で、鳥インフルエンザが発生した。

ここでは、韓国での鳥インフルエンザ発生は、発生時期から見て、モンゴルから飛来したオオハクチョウ(Whooper swans) (Cygnus cygnus)(韓国語で「큰고니」)が関係しているのではないという仮説を立てている。
参考「気がかりな、モンゴルのマナヅル繁殖地での鳥インフルエンザ拡大

しかし、日本への感染がオオハクチョウによったものとは、断定してはいない。

概して、この時期、オオハクチョウは、ほとんど、北日本中心にみられる(北海道・東北・新潟、富山・茨城・群馬・千葉がほとんど)が、まれに、九州でも、諫早湾などに見られたとの報告もあるようだ。

しかし、韓国での鳥インフルエンザの発生地である忠清南道(韓国語で「충청남도」)の近くの渡り鳥の生息地である浅水湾(韓国語で「천수만 」)などのコロニーで、他の鳥に感染が広がり、マガモなどの別の渡り鳥がウイルスを日本へ運んだとの仮説もありうるだろう。

null左記は、浅水湾でのオオハクチョウの模様である。

韓国の報道では、農林部家畜防疫課長の発表によると、今回、鳥インフルエンザが発生した天安市の ヨンジョン里産卵農場(용정리산란계농장)空2キロ地点の豊歲川(풍세천)と美湖川(미호천)の分流点で採取した野鳥(マガモ)(韓国語では「청둥오리 」)(Anas platyrhynchos)の分泌物からH5N1を検出したことから、感染原因は、渡り鳥(철새)であるとの見解を示した。

null左記は、同じく、浅水湾におけるマガモのコロニーの模様である。

忠清南道は緊急防疫対策会議を開き、渡り鳥接近遮断方案を論議したという。

ここでは、「現場周辺に渡り鳥狩りの犬を放す」などのチン案が出されたという。

このサイトこのサイトは、その様子を伝えるビデオである。(写真の下の「300K」「56K」または、赤いマークをクリックしてください。)

今回の鳥インフルエンザの渡り鳥原因説が強まるにつれ、今回の発生地の天安市に隣接する昨年末の発生地・牙山市では、有数の渡り鳥飛来地である「곡교천」(この写真が「곡교천」)を、抱えるだけに、ひときわ神経質になっているとのことである。

参考「충남도 AI 비상대책회의… 방역 총력 당부

null
上記の図は、昨年の11月から12月にかけての鳥インフルエンザ発生箇所と、今回発生の鳥インフルエンザ発生の位置関係を示したものだ。
천안에서 고병원성 AI 또 발생] 철새가 의심스러워
AI, 철새가 옮겼을 가능성 커졌다」より引用

1.2006年11月19日発生 全羅北道・益山市・咸悦(韓国語では「익산시 함열」)
2.2006年11月26日発生 全羅北道・益山市・黄登(韓国語では「익산시 황등」)
3.2006年12月07日発生 全羅北道・金堤市・功徳(韓国語では「김제시 공덕」)
4.2006年12月21日発生 忠清南道・牙山市・湯井面・吉山里(韓国語では「아산시 탕정」)
5.2007年01月20日発生 忠清南道・天安市・豊歳面・龍井里(韓国語では「천안시풍년면」)

モンゴルでのオオハクチョウのH5N1感染は、昨年、A/whooper swan/Mongolia/2/2006 のウイルスとして、確認されている。
参照「H5N1 Qinghai Emergence in Mongolia

このモンゴルのウイルスの変異は、次の10箇所にあるとされている。

G59A, T211C, C268T, A539G, C796T, T868C, A1300G, C1330T, G1562T, C1618T.

このうち、青海株(A/Bar headed goose/Qinghai/1A/2005)での変異と一致しているのは、ひとつを除いて、全部のようだ。

興味あるのは、今回、日本の宮崎で発見されたウイルスの変異箇所が、このモンゴルのオオハクチョウのウイルスA/whooper swan/Mongolia/2/2006の変異箇所と、どの程度一致しているかによって、感染経路がかなりはっきりしてくるのではなかろうか。

ちなみに、日本に飛来するオオハクチョウの追跡調査については、東京大学大学院農学生命科学研究科・樋口 広芳教授らの、衛星追跡にもとづく次の研究があるようだ。
「Kanai, Y., Sato, F., Ueta, M., Minton, J., Higuchi, H., Soma, M., Mita, N. and Matsui, S. 1997. The migration routes and important restsites of Whooper Swans satellite-tracked from northern Japan」

参考1.モンゴルのオオハクチョウのH5N1ウイルスの変異点と、他の地域のウイルスの変異点との対照表

H5N1 Qinghai Emergence in Mongolia 」より引用(太字が、モンゴルのオオハクチョウのウィルス)
参考「Evolution of H5N1 Headlines

G59A

AB263752 A/whooper swan/Mongolia/2/06 2006 H5N1 DQ343150 A/chicken/Hebei/326/2005 2005 H5N1
DQ320915 A/goose/Shantou/2216/2005 2005 H5N1
AY609312 A/chicken/Guangdong/174/04 2004 H5N1
AY737289 A/chicken/Guangdong/191/04 2004 H5N1
DQ343151 A/chicken/Hebei/718/2001 2001 H5N1
AY585365 A/duck/Guangxi/35/2001 2001 H5N1

T211C

DQ661910 A/chicken/Afghanistan/1207/2006 2006 H5N1
DQ676834 A/chicken/Krasnodar/01/2006 2006 H5N1
DQ440535 A/swan/Iran/754/2006 2006 H5N1
DQ412997 A/swan/Italy/179/06 2006 H5N1
ISDN136919 A/swan/Italy/179/2006 2006 H5N1
AB263752 A/whooper swan/Mongolia/2/06 2006 H5N1

C268T

DQ661910 A/chicken/Afghanistan/1207/2006 2006 H5N1
AB263752 A/whooper swan/Mongolia/2/06 2006 H5N1 ISDN124038 A/Chicken/Viet Nam/NCVD09/2005 2005 H5N1
ISDN124037 A/Chicken/Viet Nam/NCVD10/2005 2005 H5N1
AM183674 A/chicken/Vietnam/P22/05 2005 H5N1
AM183673 A/chicken/Vietnam/P78/05 2005 H5
DQ497674 A/duck/Vietnam/272/2005 2005 H5N1
AM183676 A/duck/Vietnam/AG40-O2/05 2005 H5
DQ497677 A/mallard/Vietnam/352/2005 2005 H5N1
ISDN111351 A/Chicken/Indonesia/7/2003 2003 H5N1
DQ497646 A/chicken/Sragen/BPPV4/2003 2003 H5N1
DQ497681 A/chicken/Vietnam/28/2003 2003 H5N1
DQ497693 A/chicken/Vietnam/8/2003 2003 H5N1
AY585364 A/duck/Guangxi/22/2001 2001 H5N1
ISDN38260 A/Goose/Viet Nam/113/2001 2001 H5N1
ISDN38261 A/Goose/Viet Nam/324/2001 2001 H5N1

A539G

DQ661910 A/chicken/Afghanistan/1207/2006 2006 H5N1
DQ440535 A/swan/Iran/754/2006 2006 H5N1
DQ412997 A/swan/Italy/179/06 2006 H5N1
ISDN136919 A/swan/Italy/179/2006 2006 H5N1
AB263752 A/whooper swan/Mongolia/2/06 2006 H5N1 DQ320939 A/duck/Vietnam/568/2005 2005 H5N1
AY737289 A/chicken/Guangdong/191/04 2004 H5N1
AY518362 A/duck/China/E319-2/03 2003 H5N1

T796C

AB263752 A/whooper swan/Mongolia/2/06 2006 H5N1
DQ320939 A/duck/Vietnam/568/2005 2005 H5N1
AY585373 A/duck/Guangdong/07/2000 2000 H5N1
AY059476 A/Duck/Hong Kong/ww381/2000 2000 H5N1
AY059477 A/Duck/Hong Kong/ww382/2000 2000 H5N1
AY059478 A/Duck/Hong Kong/ww461/2000 2000 H5N1
AY059479 A/Duck/Hong Kong/ww487/2000 2000 H5N1
AY059480 A/Goose/Hong Kong/ww491/2000 2000 H5N1
DQ092869 A/Pekin duck/Singapore/F59/04/98 1998 H5N2
AF194992 A/Chicken/Italy/9097/97 1997 H5N9
ISDN49024 A/duck/Singapore/3/97 1997 H5N3
AF303057 A/duck/Singapore/Q-F119-3/97 1997 H5N3
S68489 A/turkey/England/50-92/91 1991 H5N1
AF082042 A/Duck/Potsdam/1402-6/86 1986 H5N2
CY006036 A/duck/Potsdam/2216-4/1984 1984 H5N6
AF082041 A/Duck/Potsdam/2216-4/84 1984 H5N6
M18450 A/Duck/Ireland/113/83 1983 H5N8
M18451 A/Turkey/Ireland/1378/83 1983 H5N8
AF082039 A/Duck/Hong Kong/698/79 1979 H5N3
AF290443 A/Duck/Ho Chi Minh/14/78 1978 H5N3
CY005575 A/duck/Hong Kong/342/1978 1978 H5N2
U20475 A/duck/Hong Kong/342/78 1978 H5N2
CY006028 A/goose/Hong Kong/23/1978 1978 H5N3
AF082038 A/Duck/Hong Kong/205/77 1977 H5N3
AB241615 A/duck/Miyagi/54/76 1976 H5N3

T868C

DQ661910 A/chicken/Afghanistan/1207/2006 2006 H5N1
DQ440535 A/swan/Iran/754/2006 2006 H5N1
DQ412997 A/swan/Italy/179/06 2006 H5N1
ISDN136919 A/swan/Italy/179/2006 2006 H5N1
AB263752 A/whooper swan/Mongolia/2/06 2006 H5N1 DQ104701 A/duck broiler/Malaysia/F118/08/04 2004 H5N2
DQ122147 A/duck broiler/Malaysia/F189/07/04 2004 H5N2
AB241624 A/duck/Hokkaido/101/04 2004 H5N3
AB241625 A/duck/Hokkaido/193/04 2004 H5N3
AB241626 A/duck/Hokkaido/299/04 2004 H5N3
AJ715872 A/Hanoi/03/2004 2004 H5N1
AY651335 A/Viet Nam/3046/2004 2004 H5N1
ISDN40278 A/Viet Nam/3212/2004 2004 H5N1
AJ632269 A/chicken/France/03426a/03 2003 H5N2
DQ497679 A/chicken/Vietnam/20/2003 2003 H5N1
DQ320938 A/chicken/Vietnam/27/2003 2003 H5N1
DQ497681 A/chicken/Vietnam/28/2003 2003 H5N1
DQ497693 A/chicken/Vietnam/8/2003 2003 H5N1
AY995885 A/mallard/Sweden/21/02 2002 H5N2
AY995895 A/mallard/Sweden/58/02 2002 H5N3
AF194169 A/Chicken/Italy/312/97 1997 H5N2

A1300G

AB263752 A/whooper swan/Mongolia/2/06 2006 H5N1
(plus many other H5N1 isolates)

C1330T

DQ661910 A/chicken/Afghanistan/1207/2006 2006 H5N1
AB263752 A/whooper swan/Mongolia/2/06 2006 H5N1
DQ497651 A/chicken/Gunung Kidal/BBVW/2005 2005 H5N1
DQ497643 A/chicken/Magetan/BBVW/2005 2005 H5N1
DQ320933 A/chicken/Wajo/BBVM/2005 2005 H5N1
DQ497659 A/duck/Parepare/BBVM/2005 2005 H5N1
DQ387854 A/mallard/Bavaria/1/2005 2005 H5N2
DQ647648 A/ostrich/South Africa/1/2004 2004 H5N2
DQ007623 A/Anas platyrhynchos/Chany Lake 2003 H5N3
AY995886 A/mallard/Sweden/22/02 2002 H5N9
AY995887 A/mallard/Sweden/27/02 2002 H5N9
AY995888 A/mallard/Sweden/28/02 2002 H5N9
AY995889 A/mallard/Sweden/31/02 2002 H5N2
AY995890 A/mallard/Sweden/37/02 2002 H5N9
AY995891 A/mallard/Sweden/39/02 2002 H5N3
AY995892 A/mallard/Sweden/40/02 2002 H5N6
AY995893 A/mallard/Sweden/49/02 2002 H5N9
AY995894 A/mallard/Sweden/52/02 2002 H5N9
AY995897 A/mallard/Sweden/79/02 2002 H5N9
AY995898 A/mallard/Sweden/80/02 2002 H5N9
AJ621807 A/duck/Primorie/2633/01 2001 H5N3
AY075030 A/Goose/Hong Kong/3014.5/2000 2000 H5N1
AY059482 A/Goose/Hong Kong/3014.8/2000 2000 H5N1
AY684894 A/mallard/Netherlands/3/99 1999 H5N2
AJ305306 A/chicken/Italy/8/98 1998 H5N2
AF194169 A/Chicken/Italy/312/97 1997 H5N2
AF194990 A/Chicken/Italy/367/97 1997 H5N2
AF194992 A/Chicken/Italy/9097/97 1997 H5N9
AF194991 A/Guinea Fowl/Italy/330/97 1997 H5N2

G1562T

AB263752 A/whooper swan/Mongolia/2/06 2006 H5N1 DQ497642 A/chicken/Malang/BBVet-IV/2004 2004 H5N1
DQ497653 A/chicken/Purwakarta/BBVet-IV/2004 2004 H5N1

C1618T

DQ661910 A/chicken/Afghanistan/1207/2006 2006 H5N1
ISDN133364 A/Turkey/65596/06 2006 H5N1
AB263752 A/whooper swan/Mongolia/2/06 2006 H5N1
DQ320910 A/chicken/Hunan/999/2005 2005 H5N1
DQ095630 A/Duck/Hunan/114/05 2005 H5N1
DQ320902 A/duck/Hunan/127/2005 2005 H5N1
DQ320903 A/duck/Hunan/139/2005 2005 H5N1
DQ320904 A/duck/Hunan/149/2005 2005 H5N1
DQ320905 A/duck/Hunan/152/2005 2005 H5N1
DQ320906 A/duck/Hunan/157/2005 2005 H5N1
DQ320907 A/duck/Hunan/160/2005 2005 H5N1
DQ320908 A/duck/Hunan/166/2005 2005 H5N1
DQ320909 A/duck/Hunan/182/2005 2005 H5N1
DQ095631 A/Duck/Hunan/191/05 2005 H5N1
DQ387854 A/mallard/Bavaria/1/2005 2005 H5N2
AF509025 A/Chicken/Hong Kong/715.5/01 2001 H5N1
AY221524 A/Chicken/Hong Kong/FY150/01 2001 H5N1
AF509019 A/Chicken/Hong Kong/FY150/01 2001 H5N1
AY221523 A/Chicken/Hong Kong/FY150/01-MB 2001 H5N1
AF509016 A/Chicken/Hong Kong/FY77/01 HA 2001 H5N1
AY221522 A/Chicken/Hong Kong/NT873.3/01 2001 H5N1
AY221521 A/Chicken/Hong Kong/NT873.3/01-MB 2001 H5N1
AY221526 A/Pheasant/Hong Kong/FY155/01 2001 H5N1
AF509020 A/Pheasant/Hong Kong/FY155/01 2001 H5N1
AY221525 A/Pheasant/Hong Kong/FY155/01-MB 2001 H5N1
M18450 A/Duck/Ireland/113/83 1983 H5N8
M18451 A/Turkey/Ireland/1378/83 1983 H5N8
X07869 A/chicken/Scotland/59 1959 H5N1
X07826 A/Chicken/Scotland/59 1959 H5N1

参考2. 青海株の変異箇所

下記の通り。
RNAフラグメント(RNA fragments)1.PB2
A1398G T1460C 

RNAフラグメント2.PB1
T87C C557T G1362T T2196C 

RNAフラグメント3.PA
T147C G228A T571C T1594C G1825G 

RNAフラグメント4.HA
G59A  C796T A1300G G1562T 

RNAフラグメント5.NP
C74T G343A  

RNAフラグメント6.NA
C162T C979T G1361A 

RNAフラグメント7.MP
C559A 

RNAフラグメント8.NS
T41A A849G A851G 
G59A, T211C, C268T, A539G, C796T, T868C, A1300G, C1330T, G1562T, C1618T.

参照「Tuva and Mongolia H5N1 Bird Flu Sequences Are Similar

A/whooper swan/Mongolia/2/2006の遺伝子配列については、このサイトご参照

为翻译对汉语, 使用这
http://translate.livedoor.com/chinese/

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2007/01/19 Friday

エジプトで、タミフル耐性のH5N1ウイルス検出との報道だが。

Filed under: 未分類 — 管理人 @ 21:12:53

2007/01/19(Fri)
 
nullH5N1に感染し昨年末に死亡したエジプトの2人から、抗ウイルス薬タミフルに耐性のあるウイルスが検出されたと、世界保健機関(WHO)が18日発表したというのだが。
参照「Avian influenza - situation in Egypt

WHOによると、エジプト北部Gharbiyaで同じ家に住む親せき同士のWarda Eidh Ahmedという名の16歳女性と26歳男性が相次いで感染し、女性のほうは、昨年12月19日に、男性の方は、昨年12月17日に入院し、12月21日から、一日2錠のタミフルによる治療を始めたという。

12月23日に、二人は、referral hospitalへ移されたが、女性のほうは、12月25日に、男性の方は、12月28日に、死亡したという。

投与開始2日後に採取した検体の、ポジション294にNからS への変異(N294S)が見られ、タミフルに中程度の耐性のあるウイルスであることがわかったという。

しかし、専門家の話によると、タミフルの治療を始めてから変異にいたるまでの時間が短すぎるのではないかとの指摘もある。

そこで、実際は、青海株においても、同じN294S変異があったにもかかわらず、公にされなかったのではないかと、推測する向きもあるようだ。

つまり、エジプトでタミフル治療を行う前から、ウイルスには、タミフル耐性が備わっていたのではないかという推測だ。

N294Sは、Vietnamでもみられたタミフル耐性変異のひとつでもあり、エジプトでのタミフル服用による変異ではないようにもみえる。

また、ヒトへの感染と関係のあるreceptor binding domainのポジション230でのMからIへの変異(M230I)も認められたという。

M230Iの変異は、ヒト・インフルエンザの H1N1, H3N2, インフルエンザ Bの三つのタイプにも見られる変異であり、これは.鳥インフルエンザウイルスの変異ではなく、HIVの変異だとする見方もあるようだ。

ポジション230にMからIへの変異(M230I)が見られたケースとしては、中国で、2001年と2002年に見られたウイルスの二つ(A/duck/Zhejiang/bj/2002(H5N1) と A/Duck/Hong Kong/380.5/2001)がある。

このエジプトの患者のウイルスに見られる変異としては、このほかに、M230Iと同じく、受容体結合ドメインでの変異として、V223Iが見られるという。

V223Iは、A/bar-headed goose/Mongolia/1/05にも、A/chicken/Yamaguchi/7/2004にも見られた変異である。

なお、タミフル耐性のウイルスの変異としては、H5N1では、R152K、H274Y、N294Sがあり、H5N2では、E119G/A/D/V,R292Kがある。

H5N1
R152K(ポジション152でのアルギニンからリシンへの変異、N1)
H274Y(ポジション274での、ヒスチジンからチロシンへの変異、N1) 、
N294S(ポジション294でのアスパラギンからセリンへの変異、N1)

H5N2
E119V、G、A、D(ポジション119での、グルタミン酸からバリンまたはグリシンまたはアラニンまたはアスパラギン酸への変異、N2 ),
R292K(ポジション292でのアルギニンからリシンへの変異、N2)

この例のうち、H274Y(ポジション274での、ヒスチジンからチロシンへの変異、N1)については、ヴェトナムの少女でタミフル耐性があったもので、これについては、私の以前のブログ「インフルエンザA型H5N1感染治療中のタミフル耐性について」に詳しく書いたことがある。

なお、HIVとH5N1との関係については、サイト「HIV Could Launch Bird Flu Pandemic 」 において、次のように書かれている。

Robert Webster 博士によれば、すでにHIVに感染している患者は、免疫系が弱っているために、H5N1を、人間に感染しやすい形に変えてしまうという。

これは、なにも、HIVに限らず、同じく、免疫系が弱っている、がん患者についても言えると、Robert Webster 博士は、いっている。

ちなみに、エジプトにおけるHIV患者は、公式には、1986年来、1800人ということだが、実際には、これ以外に隠された患者が相当数あると推測され、その数は、2003年時点で、5000人から30000人が、いるとされ、これでいくと、エジプト人の2355人に一人が、HIVであるとの数字もあるようだ。
参考「Egypt confronting HIV

また、同じサイトの数字では、インドネシアにおけるHIVは、130000人といわれている。

偶然か、HIVの多い国でのH5N1による死亡者が多いのが、気になるところだ。
参考
N294S Tamiflu Resistance Marker In H5N1 Ducks」など


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2007/01/12 Friday

宮崎県清武町の鳥インフルエンザ問題

Filed under: 未分類 — 管理人 @ 10:44:06

2007/01/12(Fri)
 
null宮崎県宮崎郡清武町木原の「谷口孵卵場黒坂農場」で今月10日から11日にかけて、飼育しているニワトリ1万2千羽のうち、およそ750羽が死んだ。

その後も、新たに、鶏が死んでおり、10日約250羽、11日約500羽、12日約1650羽合計2,400羽(同養鶏場の約1万2000羽の5分の1)死亡となっている。

獣医師による簡易検査では、鳥インフルエンザウイルスの陽性反応が出ており、宮崎県家畜保健衛生所がさらにウイルス分離検査を実施し、茨城県つくば市の動物衛生研究所の検査を経た上、結果は13日に判明するとのことである。(2007/01/13追記 宮崎県における鳥インフルエンザウイルスは、H5亜型のA型インフルエンザであるとの発表があったが、N1なのかどうか、や、遺伝子型についての発表は、持ち越されたようだ。
2007/01/16追記 動物衛生研究所の発表によると、 宮崎県清武町の鳥インフルエンザのウイルスは、H5N1型であることが確認された。遺伝子解析の発表はまだのようだ。)

これを受け宮崎県は、この養鶏場を隔離するとともに、半径10キロ以内にある17の養鶏場にもニワトリや卵などの移動を自粛するよう要請した。

1.清武町周辺の渡り鳥飛来地

地図で見る限り、この清武町には、特におおきな水鳥飛来地は、ないようなのだが、日向灘や、それらへの河口には近いようだ。

日向灘の宮崎県側には、一ツ瀬川河口域(児湯郡、宮崎市)や、宮崎港の一ッ葉入り江(宮崎市)をはじめとして、多くの干潟などがあり、そこには、冬場では、イソシギ、カワウ、カルガモ、マガモ、ミサゴ、イソシギ、ズグロカモメ、シロチドリ、ハシボソカラス、ダイサギなどの水鳥が多数見られるようだ。

一ツ瀬川河口域は、韓国の済州島などとともに、クロツラヘラサギの越冬地としても、知られているようだ。

一ッ瀬川の水鳥については、このサイト
一ッ葉入り江の水鳥については、このサイト
ご参照

2.渡り鳥によるウイルス伝播の可能性

この時期の韓国との渡り鳥の往来については、わからないが、昨年11月末の韓国の鳥インフルエンザ発生との関係は、見ておかないといけないだろう。

nullつまり、左記の図の韓国のフライウェイの矢印の先に、日本の九州があるという事実だ。

これについては、私の別のブログ記事韓国で、大規模な鳥インフルエンザ発生ご参照

ちなみに、宮崎県は、児湯養鶏農協など、ブロイラーの全国一の生産地であり、児湯郡と宮崎郡とは、宮崎市を間に挟んで、日向灘沿いに、隣り合わせになっている。

これらのウイルスがどのルートできたかだが、渡り鳥による伝染の可能性が強い。
.
.

3.開裂部位や.「受容体結合ドメイン」の遺伝子配列の変異で、渡り鳥の飛来方向が、ある程度、確定できる-青海株か?福建株か?-

渡り鳥伝播説によった場合、その開裂部位( cleavage site 、Amino acid at position 323-330)の遺伝子配列が、下記のどちらに該当するかによって、飛来方向が、かなり明確になるだろう。
参考「H5N1 cleavage sites

ちなみに、韓国の鳥インフルエンザウイルスは、下記記載「「H5N1 」ウイルスの開烈部位のPB2 E627K遺伝子配列15のパターン」のうちのイ寮蝶こ(the Qinghai strain)と同じであった。
参照「Qinghai H5N1 Confirmed On South Korean Farms

青海株(the Qinghai strain)は、2005年5月に、中国の青海湖で発見されたもので、ここから、2005年夏に、ロシア、モンゴル、カザフスタンにわたり、それから、2005年後半から2006年初頭にかけて、ヨーロッパ、中東、アフリカ、インド、アフガニスタンへと、拡大していったものである。

このサイト、「Suspect Qinghai H5N1 Infections in Japan」では、日本のものも、この青海株(the Qinghai strain)であろうと推測している。

これとは別に、2005年3月に中国の福建省で見られ、その後、香港・ラオス・マレーシア・タイなど、東南アジアに見られたA/DK/Fujian/1734/05(H5N1)など、福建株(the Fujian strain )と呼ばれるものがあるが、このなかで、A/Guinea fowl/Shantou/1341/2006(H5N1)だけが、青海株(the Qinghai strain)であるとされている。

さらに、下記の5で述べる「受容体結合ドメイン」の遺伝子配列の変異によっても、どこで発見されたウイルスなのかが、ある程度、特定できる。

参照
福建株が、鳥インフルエンザの大きな要因とのアメリカ・香港共同研究チームの指摘
Study says new H5N1 strain pervades southern China

4.鳥インフルエンザ・ウイルスの開烈部位のPB2 E627K遺伝子配列如何が、サイトカイン・ストームをもたらす

nullこれまで発生した鳥インフルエンザ・ウイルスの開烈部位のPB2 E627K遺伝子配列を見てみると、下記のパターンに分けられうる。

ちなみに、このPB蛋白の E627Kの部分に変異が起きると、サイトカイン・ストーム(免疫応答の異常によるサイトカインの過剰産生)誘導をもたらす可能性が高いとされる。

参考「Fujian H5N1 Bird Flu Spreads Throughout China
China releases human H5N1 sequences
H5N1 cleavage site options
Novel Human H5N1in Indonesia Raises Pandemic Concerns
Flu Wiki 2 - Forum - RESRRKKR
Growing H5N1 Transmission Chain in Indonesia Raises Concerns
Evolution and Spread of Fujian H5N1 In China
A list of relevant mutation position
H5N1 HA Cleavage Site Evolution
Doctors find more evidence bird flu can evade drug
Qinghai HA in Indonesia
H5N1 cleavage site options
Important H5N1 Treatment Hints
Example 1: 453 avian influenza HA genes

(1)「H5N1 」ウイルスの開烈部位のPB2 E627K遺伝子配列のパターン

注-このシーケンスの見方ですが、左からamino acid at position 323から始まりamino acid at position 330までの7つのポジションになっています。

アルファベットの示す意味ですが、次のとおりです。
R=アルギニンArginine (Arg) E=グルタミン酸Glutamic Acid (Glu) S=セリンSerine (Ser) K=リジンLysine (Lys) G=グリシンGlycine (Gly) I=イソロイシンIsoleucine (Ile) D=アスパラギン酸Aspartic Acid (Asp) Q=グルタミンGlutamine (Gln)
さらに詳しくは、こちらのサイト「The Single-Letter Amino Acid Code」の一覧表をどうぞ。

 RESRRKKR」-インドネシア(2005年と2006年発見)、インドネシアの猫よりのもの。(A/Indonesia/321H/2006など)
◆RERRRKKR」-アジアでもっともポピュラーなパターン、1997年香港、2004年ヴェトナムで発見、ヴェトナム、タイ、カンボジアの配列(A/ Viet Nam/ 1194/ 2004など)
「RERRKKR」-2005年のヴェトナムにおける毒性中位の配列で、上記△ら「R」がひとつ無くなっている2005年ヴェトナムの配列(日本のA/chicken/Yamaguchi/7/04など)
ぁRERRRKR」-中国・福建株、中国のウイルスで、上記から、「K」がひとつなくなり、「R」がひとつふえている。(A/DK/Fujian/1734/05など)
ァGERRRKKR」-中国の青海湖での発見ウイルスで、い遼粗の「R」が「G」に変わっている。中国西部、韓国、ロシア、モンゴル、カザフスタン、ヨーロッパ、中東、アフリカ、インド、アフガニスタン、トルコ、イラク、アゼルバイジャン、エジプトのウイルスの配列もこれと同じ、インドネシアのバリ島で発見されたA/duck/Badung-Bali/05/2005も同じ(Goose/Qinghai/0510/05、A/chicken/Egypt/2253-1/2006など)
ΑREGRRKKR」-中国・湖南( A / swine / Anhui / 2004など)
АREGGRRKR」-中国・湖南その2(A/chicken/Hunan/2246/2006など)
─RERRRRR」-中国・湖南その3、二人の人間より検出(A/Hunan-Xiangtan-he/12/2005など)
「GERRRRKR」-モンゴルの白鳥より検出(A/whooper swan/Mongolia/3/05など)
「REGGRKKR」-中国・河北(A/chicken/Hebei/326/2005など)
「RERRRIKR & RERRRIKK」−インド(2003年)
「RDRRRKKR」−中国・上海(アヒル)(A/duck/Shanghai/1/2000など)
「GEGRRKKR」−スーダン(A/chicken/Sudan/1784-10/2006など)
「GDRRRKKR」−ルーマニア(A/chicken/Romania/4793/Tl/2005など)
「KERRRKKR」−エジプト、タイ(A/chicken/Egypt/5610NAMRU3-F3/2006 A/Thailand/HA20/2005)
亜GKRRRKKR」−エジプト(A/chicken/Egypt/5611NAMRU3-AN/2006)
院GERIRKKR, GERKRKKR, GEKRRKKR」-novel Europe

(「H5N1 cleavage sites
H5N1 cleavage site options - FluTrackers
Cleavage
The Single-Letter Amino Acid Code」参照)

(2)福建株における開烈部位の上流の配列の違い

福建株においては、開烈部位の上流のシーケンスであるamino acid at position 315(314)のシーケンスが、他のアジア株と、次のように異なっている。

福建株とその他のアジア株との配列の違い

福建株の配列-「LRERRRKR⇒以下、開烈部位のシーケンスの先頭のポジション(323)である「R」につながっていく。」

アジアに見られる配列-「QRERRRKKR⇒以下、開烈部位のシーケンスの先頭のポジション(323)である「R」または「G」につながっていく。」

福建株では、アジアの配列の「Q」が「L」に変異し「K」が欠落している。
参考
Evolution and Spread of Fujian H5N1 In China
Dr Niman on cleavage site evolution
Engineered viral vaccine constructs with dual specificity: Avian influenza and Newcastle disease
H5N1 Confirmed On South Korean Farm

5.「受容体結合ドメイン」での変異が、人への感染の容易さを決定付ける。

H5N1のreceptor-binding domain (RBD)(日本語では、「受容体結合ドメイン」とでも訳すのでしょうか。)での変異が、ヘマグルチニンをヒト受容体に結合し易くし、人への感染の容易さを決定づ゛けるとされている。

このreceptor-binding siteは、HAによって異なり、
H3 numbering systemをつかってみる(H5の場合は、ポジションナンバーが、これと異なってくるので、ご注意。)と、
amino acids position の 98, 134–138, 153, 155,183, 190, 194, 195、224–229 などとされている。

このうち、position 190までを上流(upstream)、position 190以降を下流(downstream)としているようだ。

この receptor binding domain における遺伝子のシーケンスが、人への感染性を決めるものとされている。

参照「The index influenza A virus subtype H5N1 isolated from a human in 1997 differs in its receptor-binding properties from a virulent avian influenza virus
Qinghai H5N1 Receptor Binding Domain Changes In Middle East
H5N1 Acquisition Matches Influenza B Receptor Binding Domain

これまで変異が見られた receptor binding domain は、下記のとおりである。

なお、この見方ですが、たとえば、「D187N 」と書いてある場合には、「ポジション187において、D(アスパラギン酸)からN(アスパラギン)に変異した」ということを指します。

アミノ酸記号については、このサイト「DNA とアミノ酸の暗号表 」をご参照ください。

Amino acid residue position 190の上流(upstream) 

amino acid at position 186(position186でのアミノ酸配列変異、以下同じ)-
N186K(Qinghai分離株 Azerbaijan分離株)(アスパラギンからリシンへ変異)
or
N186S(Qinghai分離株)(アスパラギンからセリンへ変異)

amino acid at position 187(position187でのアミノ酸配列変異、以下同じ)-
D187N (Hunan分離株-isolates- A/chicken/Hunan/2246/2006など) (アスパラギン酸からアスパラギンへ変異)

amino acid at position 188-
A188E (Shanxi分離株 A/chicken/Shanxi/2/2006など) (アラニンからグルタミン酸へ変異)

amino acid at position 189-
A189T (Shanxi分離株 A/chicken/Shanxi/2/2006など) (アラニンからスレオニンへ変異)
or
A189E (Hunan分離株 A/chicken/Hunan/2246/2006など) (アラニンからグルタミン酸へ変異)

Amino acid residue position 190の下流(downstream)

amino acid at position 190-
E190D ( Vietnam分離株 A/Vietnam/1203/2004など) (グルタミン酸からアスパラギン酸へ変異)
or
E190V ( Vietnam分離株) (グルタミン酸からバリンへ変異)

amino acid at position 192-
T192I (Shanxi & Hunan 分離株 A/chicken/Shanxi/2/2006 A/chicken/Hunan/2246/2006など ) (スレオニンからイソロイシンへ変異)

amino acid at position 194-
L194I (Shanxi & Hunan 分離株 A/chicken/Shanxi/2/2006  A/chicken/Hunan/2246/2006など) (ロイシンからイソロイシンへ変異)

amino acid at position 196-
Q196R(Qinghai分離株)(グルタミンからアルギニンへ変異)

amino acid at position 214-
V214M (Shantou 分離株 A/goose/Shantou/2086/2006など) (バリンからメチオニンへ変異)

amino acid at position 220-
R220K (Shanxi 分離株  A/chicken/Shanxi/2/2006など) (アルギニンからリシンへ変異)

amino acid at position 222-
K222Q (Shanxi 分離株 A/chicken/Shanxi/2/2006など) (リシンからグルタミンへ変異)
or
K222R (Shantou 分離株 A/goose/Shantou/2086/2006など) (リシンからアルギニンへ変異)

amino acid at position 223-
V223I (Shantou 分離株 A/goose/Shantou/2086/2006など) (バリンからイソロイシンへ変異)

amino acid at position 225-
G225D ( Vietnam分離株 A/Vietnam/1203/2004など) (グリシンからアスパラギン酸へ変異)

amino acid at position 226-
Q226L ( Vietnam分離株 A/Vietnam/1203/2004) (グルタミンからロイシンへ変異)

amino acid at position 227-
S227R (Shantou 分離株  Qinghai分離株  A/goose/Shantou/2086/2006など) (セリンからアルギニンへ変異) 
or
S227N(Turkey & Vietnam分離株  A/turkey/Kfar Warburg/1224/03 A/Vietnam/1203/2004など、この株は、H9N2 とH5N1とがミックスしたものといわれている。) (セリンからアスパラギンへ変異)

amino acid at position 228-
G228S ( Vietnam分離株 A/Vietnam/1203/2004 など) (グリシンからセリンへ変異)

amino acid at position 230-
M230I (Egypt分離株 Qinghai分離株 Zhejiang分離株 A/Egypt/12374-NAMRU3/2006 A/duck/Zhejiang/bj/2002( など ) (メチオニンからイソロイシンへ変異)

参考「H5N1 Fujian Cleavage Site Evolution
OIE Hong Kong Report
Hunan H5N1 Has Multiple Receptor Binding Domain Changes
A list of relevant mutation position
H5N1 genetic structure
If anyone one is interested in the progress of H5N1 from sources doing histology
Qinghai H5N1 Receptor Binding Domain Changes In Middle East

なお、以下は番外であるが、ヒト感染H5N1ウイルスで、タミフル服用によってタミフル耐性が生じうる変異としては、下記のものがある。

R152K(ポジション152でのアルギニンからリシンへの変異、N1)( B/Memphis/20/96  など)
H274Y(ポジション274での、ヒスチジンからチロシンへの変異、N1) (A/Texas/36/91など)、
N294S(ポジション294でのアスパラギンからセリンへの変異、N1) ( Qinghai株に、この変異が見られたとされているが、公式の発表はないようだ。)

なお、このサイト「Seasonal & Pandemic Influenza」によれば、日本の場合、E119V,R292K,N294Sの変異は、H3N2ウイルスに対して、18パーセントの小児が耐性を示し、H274Yの変異は、H1N1ウイルスに対して、18パーセントの小児が耐性を示したとされる。

ウイルスごとの更なる詳細な遺伝子配列については、「The Influenza Sequence Database」をご参照
たとえば、これに、ウイルス名「A/Bar headed goose/Qinghai/1A/2005 」を入力すると、Raw Sequenceが得られる。

これによって得られた「Raw Sequence」を「amino acids」配列で見るには、さらに、「Sequence Manipulation Suite」や「Translation of DNA to an Amino Acid Sequence」や「BCM Search Launcher」や「Translate a DNA Sequence」や「Translation of DNA to an Amino Acid Sequence」などのTranslationにかける必要がある。

「Raw Sequence」のTranslationには、「Geneious 」など、フリーソフトのダウンロードによっても、可能である。

6.日本の鳥インフルエンザ・ワクチンのクレード2対応は、始まったばかり

なお、現在のH5N1のワクチン対応は、交差反応性にしたがって、次の分類によるクレード(系統分岐)対応となっている。

クレードごとの遺伝子配列の違いは、このサイト「Evolution of H5N1 avian influenza viruses in Asia」をご参照

.レード1
-ヴエトナムを中心とした東南アジア

▲レード2

サブ・クレード
-インドネシア

サブ・クレード
-青海株−中国西部、韓国、ロシア、モンゴル、カザフスタン、ヨーロッパ、中東、アフリカ、インド、アフガニスタン

サブ・クレード
-福建株−中国南東部、香港・ラオス・マレーシア・タイなどの東南アジア

参照「Qinghai H5N1 Confirmed On South Korean Farms」

これまで、日本のH5N1ワクチンは、ベトナム株をもとにしたクレード1対応としてきたが、昨年秋に、クレード2対応ワクチンとして、インドネシア株をもとにしたクレード2 対応ワクチン開発を決め、国立感染研究所で対応済みである。

世界的には、クレード2は、上記のように、さらに、サブクレード記供´掘,忘拱化し、対応するようになっている。

昨年秋の日本のクレード2対応ワクチンは、このうちのサブクレード蟻弍ワクチンのようである。

しかし、これが、クレード2 サブクレード兇函▲レード2 サブクレード靴砲弔い討睛効であるかどうかについては、検証されていないようだ。

アメリカも、昨年11月、クレード2対応に切り替え、米国疾病予防センター(Centers for Disease Control and Prevention: CDC)から提供されたシードウイルスをもとに、Sanofi-Aventis(サノフィ-アベンティス)社が、アメリカ政府との契約の元に、H5N1クレード2のバルク濃縮液を製造している。

なお、このSanofi-Aventis(サノフィ-アベンティス)社傘下のサノフィ・パスツールのワクチンは、クレード1に属するヴェトナム株ウイルスを基に作成されているものであっても、クレード2に属するウイルスに対しても、効力があるとの説があるようだ。
参照「Bird flu vaccine may be more protective than thought

追記 2007/01/14 おざなりの環境省の鳥インフルエンザ野鳥調査

環境省と宮崎県が、鳥インフルエンザの発生した清武町の養鶏場周辺約3キロ四方(2007年1月16日の朝のNHKでは、半径300メートルと報道されたが、環境省さんに確認したところ、半径3キロメートルのほうが正しいとのことであった。)を調査範囲として、野鳥の生息調査を実施したが、野鳥の大量死などの異常は見当たらなかったとしている。
このサイト参照

調査対象の野鳥は、確認した野鳥32種のうち、マガモやツグミ、オオバンなど15種の渡り鳥で、野鳥の種類や生息場所などを調べた結果、「野鳥に関しては普段の状況と変わりはなかった」という。

しかし、ここで問題なのは、「鳥インフルエンザの発生した清武町の養鶏場周辺約3キロ四方」を調査範囲としたということだ。

家禽は、半径10キロメートル以内移動禁止なのに、野鳥の調査は、何で、3キロ四方(半径3キロメートル)なの?っていう、素朴な疑問がわいてくる。

それに、今回の場合には、9.3キロ先に、野鳥の大集結基地の宮崎港の一ッ葉入り江があるのに、それを、問題視していないようなのである。

現場の地図は、このサイトからどうぞ。

左下の目盛りが移動制限の範囲である10キロの目盛りである。

地図の中心に「谷口孵卵場」というのが、今回の鳥インフルエンザの発生場所で、地図の右斜め上が、宮崎港の野鳥の飛来地である一ッ葉入り江である。

一ツ葉入り江の場所はこの地図である。


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2007/01/08 Monday

脳梗塞は、プロテインキナーゼCエータの遺伝子配列の違いが原因との研究

Filed under: 未分類 — 管理人 @ 17:00:33

2007/01/08
 
null今日の日本の各新聞を騒がせている「脳梗塞の発症率、特定の遺伝子が左右」との論文の原文は、こちら「A nonsynonymous SNP in PRKCH (protein kinase C ) increases the risk of cerebral infarction」(Nature Genetics)である。

概要は、次のとおりである。

人の体質の個人差は遺伝暗号のわずかな差によって決まるが、これは、スニップ(SNP-Single Nucleotide Polymorphism)といわれるものである。

スニップは、遺伝子の塩基配列中に一塩基の変異が集団内で1%以上の頻度で見られるものをさし、数百から千塩基に一個の割合いで存在する。

これが、個人差を決めるポイントとなるもので、日本語では、「一塩基多型」という。

清原裕九州大教授と理化学研究所の久保充明チームリーダーは、52,608の遺伝子のタグSNP(ある領域に多数の多型が存在している場合、それらを代表して分析するために選ばれたSNPのセット)を分析し、さらに、日本の福岡県の脳梗塞患者と福岡県久山町の健常者それぞれ1126人を選び、比較研究をした結果、細かい血管が詰まる「ラクナ脳こうそく」( lacunar infarction )の発症に関わる遺伝子を解明した。

その結果、脳梗塞(脳こう塞)の患者は健康な人と比較して、「プロテインキナーゼCエータ」(protein kinase C, eta)と呼ばれるたんぱく質を作る遺伝子の特定の部分が、1〜2個置き換わっている人が多く、この人々は、その配列の違いで脳こうそくの発症率が高くなることが分かった。

このSNP(一塩基多型)の塩基対はアデニン(A)、グアニン(G)の2種類で構成されており、脳梗塞患者では健常な人に比べ、Aを持つ人が1・7倍多かった。

さらに、久山町の一般住民約1600人を14年間にわたって追跡調査したところ、塩基対が「AA」の人は、「GG」の人より脳梗塞発症率が2.8倍高かった。

この「PRKCH」(protein kinase C, eta)と呼ばれるSNP(一塩基多型)は、PKC(Protein kinase C)の活動に何らかの影響を与えているものと見られる。

また、PKC(Protein kinase C)は、血管内皮細胞に現れ、人間のアテローム動脈硬化症障害において、泡状のマクロファージとなって現れ、障害のタイプが進展するにつれ、これらの現象は、増大してくるとしている。

ところで、せっかくの論文にケチを着けるつもりは、毛頭ないのだが、この中で気になるのは、「清原裕九州大教授と理化学研究所の久保充明チームリーダーが、52,608の遺伝子のタグSNPを分析し、さらに、日本の福岡県の脳梗塞患者と福岡県久山町の健常者それぞれ1126人を選び、比較研究をした結果」の部分である。

論文の原文によれば、

SNP情報は、 the JSNP databaseからセレクトし、

福岡県久山町の情報は、14年間にわたるfollow-up cohort study (1961年から実施している生活習慣病の疫学調査「久山町研究」)から得られたとしている。

つまり、この研究のベースには、膨大な脳梗塞患者と健常者の遺伝子情報があるということである。

遺伝子検査から得られる遺伝子情報も個人情報保護法によって守られるべき重要な個人情報であり、そのためには、個人を特定する情報と遺伝子情報がつながることがないよう匿名化し、直接個人を特定できないような仕組みにしていなければならない。

上記の研究で問題なのは、「福岡県久山町の健常者」ということで、地名の固有名詞を出していることである。

つまり、特定の個人と遺伝子情報とがリンクすることは、たとえ防げても、地域としてのコホートデータベースが、固有の地名を表に出していることによって、間接的なリンクがされていることである。

もし、これが、特定の風土病的偏見につながることがあってはいけないし、このような研究の場合には、特定の地名を明らかにすることは、避けたほうがいいのではなかろうか。

なお、参考までに、このサイト「平成16年度科学技術振興調整費 先導的研究等の推進「久山町における生活習慣病のゲノム疫学研究」実施計画」には、次のように書かれている。

「40歳以上の久山町住民の大多数を対象に精度の高い健診を行い,血液サンプルを3省合同の倫理指針にしたがって収集した。過去の久山町研究のデータとともに,この新たな集団の臨床・健診・剖検情報および遺伝情報を久山町ヘルスC&Cセンターにおいてデータベース化するとともに,同センター内にデータベースの管理システムを構築する。」

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2007/01/05 Friday

ケセラセラの少子化対策への転換を

Filed under: 未分類 — 管理人 @ 09:44:25

2007/01/05(Fri)
 
nullこの朝日新聞のコラム「少子化を受け入れよう」は、私が、常日頃思っていることを、代弁している。

つまり、やれ、「うちの嫁にも、少子化対策だ」などと、世の女性を、雅子さん的苦衷に追い込む前に、むしろ、少子化になると困る政策スキームを見直すことから始めなければならないのではなかろうか、という問題意識である。

少子化になると、困る政策スキームとは、人口構成が、右肩上がりで、これまで、成り立っていたスキームということである。

ちょっと、たとえは悪いが、マルチ商法で、上位階層の会員(アップライン)に、結果的に貢ぐことになる下位階層の会員(ダウンライン)が増えないような状態のものと、考えれば話は早いだろう。

年金は、まさにそうだし、規模の経済で成り立っているスキームは、多かれ少なかれ、この影響をうける。

地方経済の疲弊は、そもそも、過疎化で規模の経済が成り立たない経済圏に、規模の経済メリットで成り立っている大手スーパーが、闖入してきたことによる、クラウディング・アウト的疲弊でもある。

また、これまでの、インフレに裨益しての、後世代の実質負担軽減のスキームの破綻を前提にしての、新しいスキーム作りというものを、考えていく必要があるのではなかろうか。

これは、安易な、デフレ脱却論や、功利的なインフレターゲット論からの脱却であり、いたずらな、インフレ回帰志向からの回避でもある。

そもそも、年金のスキームもままならないのに、ただでさえ、年金生活者を脅かすインフレを、政策目標とする、支離滅裂さが、インフレターゲット論には、ある。

このような観点から、少子化にあった、各種政策スキームを編み出していくことこそ、これから必要なことかも知れない。

これぞ、レッセ・フェーレ(レッセ・フェール)への少子化対策、あるいは、ケセラセラへの少子化対策への、パラダイムシフトというべきか?


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2007/01/02 Tuesday

「自分のお金を引き出すのに、得られる利子よりも多い手数料を払わなければならないのはおかしい」

Filed under: 未分類 — 管理人 @ 10:37:18

2007/01/01(Mon)
 
null「自分のお金を引き出すのに、得られる利子よりも多い手数料を払わなければならないのはおかしい」
これは、東京スター銀行のタッド・バッジ頭取の言葉である。
参照「銀行ATM「需要・利便性」で無料化拡大

いみじくも、適格な言葉を述べたものと、感心する。

東京スター銀行は、ATM手数料ゼロの「ゼロバンク」サービスをはじめたのだが、これに対して、三菱東京UFJ銀行(MUFG)などが「こちらの手数料負担を増す」とかみつき、「中止しないなら、ATM提携を解除する」としたが、東京スター銀行はゼロバンクサービスを継続している。

こんな、日本の金融界の小姑根性に見舞われた経験を踏まえてのタッド・バッジ頭取の冒頭のような言葉なのだろう。

解せぬ銀行のあり方については、このほかにも、かねてからこのブログでも問題としている繰り延べ税金資産の問題がある。

銀行は不良債権の処理や将来の発生に備えて引当金を積むのだが、このときに、税金も納める。

融資の返済がなく、損失が生じた場合には、銀行は先に引き当てた引当金で穴埋めするのだが、その際、当然、引当金積み増しのときに同時に納めた税も戻ってくる。

戻し方は、銀行が黒字になった時点で、その年の納税額から差し引かれることで決済される。

問題は、その戻ってくる税金につく還付加算金である。

これについては、2002年10月31日のブログ「銀行の税効果会計で、高率運用?の還付加算金がかえってくる?」で述べたように、公定歩合+4%(ただし、上限年7.3%)という、市中運用よりも、格別に高い利子がついてかえってくることである。

返せるか返せないか、微妙なグレーゾーン債権を、強引に貸しはがしし、不良債権に仕立て上げ、サービサーにジャンク債権として、安くバッタ売りして、売り飛ばせば売り飛ばすほど、以前に納めた税金に高利の利息がついて、還付加算金として、帰ってくる、という構図だ。

なんとも、理不尽な話ではありませんか?

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