2007/01/12(Fri)
宮崎県宮崎郡清武町木原の「谷口孵卵場黒坂農場」で今月１０日から１１日にかけて、飼育しているニワトリ１万２千羽のうち、およそ７５０羽が死んだ。
その後も、新たに、鶏が死んでおり、１０日約２５０羽、１１日約５００羽、１２日約１６５０羽合計2,400羽(同養鶏場の約１万２０００羽の５分の１)死亡となっている。
獣医師による簡易検査では、鳥インフルエンザウイルスの陽性反応が出ており、宮崎県家畜保健衛生所がさらにウイルス分離検査を実施し、茨城県つくば市の動物衛生研究所の検査を経た上、結果は13日に判明するとのことである。(2007/01/13追記 宮崎県における鳥インフルエンザウイルスは、Ｈ５亜型のＡ型インフルエンザであるとの発表があったが、N1なのかどうか、や、遺伝子型についての発表は、持ち越されたようだ。
2007/01/16追記 動物衛生研究所の発表によると、 宮崎県清武町の鳥インフルエンザのウイルスは、Ｈ５Ｎ１型であることが確認された。遺伝子解析の発表はまだのようだ。)
これを受け宮崎県は、この養鶏場を隔離するとともに、半径１０キロ以内にある１７の養鶏場にもニワトリや卵などの移動を自粛するよう要請した。
1.清武町周辺の渡り鳥飛来地
地図で見る限り、この清武町には、特におおきな水鳥飛来地は、ないようなのだが、日向灘や、それらへの河口には近いようだ。
日向灘の宮崎県側には、一ツ瀬川河口域(児湯郡、宮崎市)や、宮崎港の一ッ葉入り江(宮崎市)をはじめとして、多くの干潟などがあり、そこには、冬場では、イソシギ、カワウ、カルガモ、マガモ、ミサゴ、イソシギ、ズグロカモメ、シロチドリ、ハシボソカラス、ダイサギなどの水鳥が多数見られるようだ。
一ツ瀬川河口域は、韓国の済州島などとともに、クロツラヘラサギの越冬地としても、知られているようだ。
一ッ瀬川の水鳥については、このサイト
一ッ葉入り江の水鳥については、このサイト
ご参照
2.渡り鳥によるウイルス伝播の可能性
この時期の韓国との渡り鳥の往来については、わからないが、昨年11月末の韓国の鳥インフルエンザ発生との関係は、見ておかないといけないだろう。
つまり、左記の図の韓国のフライウェイの矢印の先に、日本の九州があるという事実だ。
これについては、私の別のブログ記事「韓国で、大規模な鳥インフルエンザ発生」ご参照
ちなみに、宮崎県は、児湯養鶏農協など、ブロイラーの全国一の生産地であり、児湯郡と宮崎郡とは、宮崎市を間に挟んで、日向灘沿いに、隣り合わせになっている。
これらのウイルスがどのルートできたかだが、渡り鳥による伝染の可能性が強い。
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3.開裂部位や.「受容体結合ドメイン」の遺伝子配列の変異で、渡り鳥の飛来方向が、ある程度、確定できる-青海株か?福建株か?-
渡り鳥伝播説によった場合、その開裂部位( cleavage site 、Amino acid at position 323-330)の遺伝子配列が、下記のどちらに該当するかによって、飛来方向が、かなり明確になるだろう。
参考「H5N1 cleavage sites 」
ちなみに、韓国の鳥インフルエンザウイルスは、下記記載「「H5N1 」ウイルスの開烈部位のPB2 E627K遺伝子配列15のパターン」のうちの�イ寮蝶こ�(the Qinghai strain)と同じであった。
参照「Qinghai H5N1 Confirmed On South Korean Farms」
青海株(the Qinghai strain)は、2005年5月に、中国の青海湖で発見されたもので、ここから、2005年夏に、ロシア、モンゴル、カザフスタンにわたり、それから、2005年後半から2006年初頭にかけて、ヨーロッパ、中東、アフリカ、インド、アフガニスタンへと、拡大していったものである。
このサイト、「Suspect Qinghai H5N1 Infections in Japan」では、日本のものも、この青海株（the Qinghai strain）であろうと推測している。
これとは別に、2005年3月に中国の福建省で見られ、その後、香港・ラオス・マレーシア・タイなど、東南アジアに見られたA/DK/Fujian/1734/05(H5N1)など、福建株(the Fujian strain )と呼ばれるものがあるが、このなかで、A/Guinea fowl/Shantou/1341/2006(H5N1)だけが、青海株（the Qinghai strain）であるとされている。
さらに、下記の5で述べる「受容体結合ドメイン」の遺伝子配列の変異によっても、どこで発見されたウイルスなのかが、ある程度、特定できる。
参照
「福建株が、鳥インフルエンザの大きな要因とのアメリカ・香港共同研究チームの指摘」
「Study says new H5N1 strain pervades southern China」
4.鳥インフルエンザ・ウイルスの開烈部位のPB2 E627K遺伝子配列如何が、サイトカイン・ストームをもたらす
これまで発生した鳥インフルエンザ・ウイルスの開烈部位のPB2 E627K遺伝子配列を見てみると、下記のパターンに分けられうる。
ちなみに、このPB蛋白の E627Kの部分に変異が起きると、サイトカイン・ストーム(免疫応答の異常によるサイトカインの過剰産生)誘導をもたらす可能性が高いとされる。
参考「Fujian H5N1 Bird Flu Spreads Throughout China 」
「China releases human H5N1 sequences」
「H5N1 cleavage site options」
「Novel Human H5N1in Indonesia Raises Pandemic Concerns」
「Flu Wiki 2 - Forum - RESRRKKR」
「Growing H5N1 Transmission Chain in Indonesia Raises Concerns 」
「Evolution and Spread of Fujian H5N1 In China」
「A list of relevant mutation position 」
「H5N1 HA Cleavage Site Evolution 」
「Doctors find more evidence bird flu can evade drug」
「Qinghai HA in Indonesia」
「H5N1 cleavage site options」
「Important H5N1 Treatment Hints」
「Example 1: 453 avian influenza HA genes」
(1)「H5N1 」ウイルスの開烈部位のPB2 E627K遺伝子配列のパターン
注-このシーケンスの見方ですが、左からamino acid at position 323から始まりamino acid at position 330までの7つのポジションになっています。
アルファベットの示す意味ですが、次のとおりです。
R=アルギニンArginine (Arg) E=グルタミン酸Glutamic Acid (Glu) S=セリンSerine (Ser) K=リジンLysine (Lys) G=グリシンGlycine (Gly) I=イソロイシンIsoleucine (Ile) D=アスパラギン酸Aspartic Acid (Asp) Q=グルタミンGlutamine (Gln)
さらに詳しくは、こちらのサイト「The Single-Letter Amino Acid Code」の一覧表をどうぞ。
� �RESRRKKR」-インドネシア(2005年と2006年発見)、インドネシアの猫よりのもの。(A/Indonesia/321H/2006など)
�◆�RERRRKKR」-アジアでもっともポピュラーなパターン、1997年香港、2004年ヴェトナムで発見、ヴェトナム、タイ、カンボジアの配列(A/ Viet Nam/ 1194/ 2004など)
��「RERRKKR」-２００５年のヴェトナムにおける毒性中位の配列で、上記�△�ら「R」がひとつ無くなっている２００５年ヴェトナムの配列(日本のA/chicken/Yamaguchi/7/04など)
�ぁ�RERRRKR」-中国・福建株、中国のウイルスで、上記��から、「K」がひとつなくなり、「R」がひとつふえている。(A/DK/Fujian/1734/05など)
�ァ�GERRRKKR」-中国の青海湖での発見ウイルスで、�い遼粗�の「R」が「G」に変わっている。中国西部、韓国、ロシア、モンゴル、カザフスタン、ヨーロッパ、中東、アフリカ、インド、アフガニスタン、トルコ、イラク、アゼルバイジャン、エジプトのウイルスの配列もこれと同じ、インドネシアのバリ島で発見されたA/duck/Badung-Bali/05/2005も同じ(Goose/Qinghai/0510/05、A/chicken/Egypt/2253-1/2006など)
�Α�REGRRKKR」-中国・湖南( A / swine / Anhui / 2004など)
�А�REGGRRKR」-中国・湖南その2(A/chicken/Hunan/2246/2006など)
�─�RERRRRR」-中国・湖南その3、二人の人間より検出(A/Hunan-Xiangtan-he/12/2005など)
��「GERRRRKR」-モンゴルの白鳥より検出(A/whooper swan/Mongolia/3/05など)
��「REGGRKKR」-中国・河北(A/chicken/Hebei/326/2005など)
��「RERRRIKR & RERRRIKK」−インド(2003年)
��「RDRRRKKR」−中国・上海(アヒル)(A/duck/Shanghai/1/2000など)
��「GEGRRKKR」−スーダン(A/chicken/Sudan/1784-10/2006など)
��「GDRRRKKR」−ルーマニア(A/chicken/Romania/4793/Tl/2005など)
��「KERRRKKR」−エジプト、タイ(A/chicken/Egypt/5610NAMRU3-F3/2006 A/Thailand/HA20/2005)
�亜�GKRRRKKR」−エジプト(A/chicken/Egypt/5611NAMRU3-AN/2006)
�院�GERIRKKR, GERKRKKR, GEKRRKKR」-novel Europe
(「H5N1 cleavage sites 」
「H5N1 cleavage site options - FluTrackers」
「Cleavage」
「The Single-Letter Amino Acid Code」参照)
(2)福建株における開烈部位の上流の配列の違い
福建株においては、開烈部位の上流のシーケンスであるamino acid at position 315(314)のシーケンスが、他のアジア株と、次のように異なっている。
福建株とその他のアジア株との配列の違い
福建株の配列-「LRERRRKR⇒以下、開烈部位のシーケンスの先頭のポジション(323)である「R」につながっていく。」
アジアに見られる配列-「QRERRRKKR⇒以下、開烈部位のシーケンスの先頭のポジション(323)である「R」または「G」につながっていく。」
福建株では、アジアの配列の「Q」が「L」に変異し「K」が欠落している。
参考
「Evolution and Spread of Fujian H5N1 In China」
「Dr Niman on cleavage site evolution 」
「Engineered viral vaccine constructs with dual specificity: Avian influenza and Newcastle disease」
「H5N1 Confirmed On South Korean Farm」
5.「受容体結合ドメイン」での変異が、人への感染の容易さを決定付ける。
H5N1のreceptor-binding domain (RBD)(日本語では、「受容体結合ドメイン」とでも訳すのでしょうか。)での変異が、ヘマグルチニンをヒト受容体に結合し易くし、人への感染の容易さを決定づ゛けるとされている。
このreceptor-binding siteは、ＨＡによって異なり、
H3 numbering systemをつかってみる(H5の場合は、ポジションナンバーが、これと異なってくるので、ご注意。)と、
amino acids position の 98, 134–138, 153, 155,183, 190, 194, 195、224–229 などとされている。
このうち、position 190までを上流(upstream)、position 190以降を下流(downstream)としているようだ。
この receptor binding domain における遺伝子のシーケンスが、人への感染性を決めるものとされている。
参照「The index influenza A virus subtype H5N1 isolated from a human in 1997 differs in its receptor-binding properties from a virulent avian influenza virus」
「Qinghai H5N1 Receptor Binding Domain Changes In Middle East」
「H5N1 Acquisition Matches Influenza B Receptor Binding Domain」
これまで変異が見られた receptor binding domain は、下記のとおりである。
なお、この見方ですが、たとえば、「D187N 」と書いてある場合には、「ポジション187において、D(アスパラギン酸)からN(アスパラギン)に変異した」ということを指します。
アミノ酸記号については、このサイト「DNA とアミノ酸の暗号表 」をご参照ください。
Amino acid residue position 190の上流(upstream)
amino acid at position 186(position186でのアミノ酸配列変異、以下同じ)-
N186K(Qinghai分離株 Azerbaijan分離株)(アスパラギンからリシンへ変異)
or
N186S(Qinghai分離株)(アスパラギンからセリンへ変異)
amino acid at position 187(position187でのアミノ酸配列変異、以下同じ)-
D187N (Hunan分離株-isolates- A/chicken/Hunan/2246/2006など) (アスパラギン酸からアスパラギンへ変異)
amino acid at position 188-
A188E (Shanxi分離株 A/chicken/Shanxi/2/2006など) (アラニンからグルタミン酸へ変異)
amino acid at position 189-
A189T (Shanxi分離株 A/chicken/Shanxi/2/2006など) (アラニンからスレオニンへ変異)
or
A189E (Hunan分離株 A/chicken/Hunan/2246/2006など) (アラニンからグルタミン酸へ変異)
Amino acid residue position 190の下流(downstream)
amino acid at position 190-
E190D ( Vietnam分離株 A/Vietnam/1203/2004など) (グルタミン酸からアスパラギン酸へ変異)
or
E190V ( Vietnam分離株) (グルタミン酸からバリンへ変異)
amino acid at position 192-
T192I (Shanxi ＆ Hunan 分離株 A/chicken/Shanxi/2/2006 A/chicken/Hunan/2246/2006など ) (スレオニンからイソロイシンへ変異)
amino acid at position 194-
L194I (Shanxi ＆ Hunan 分離株 A/chicken/Shanxi/2/2006 A/chicken/Hunan/2246/2006など) (ロイシンからイソロイシンへ変異)
amino acid at position 196-
Q196R(Qinghai分離株)(グルタミンからアルギニンへ変異)
amino acid at position 214-
V214M (Shantou 分離株 A/goose/Shantou/2086/2006など) (バリンからメチオニンへ変異)
amino acid at position 220-
R220K (Shanxi 分離株 A/chicken/Shanxi/2/2006など) (アルギニンからリシンへ変異)
amino acid at position 222-
K222Q (Shanxi 分離株 A/chicken/Shanxi/2/2006など) (リシンからグルタミンへ変異)
or
K222R (Shantou 分離株 A/goose/Shantou/2086/2006など) (リシンからアルギニンへ変異)
amino acid at position 223-
V223I (Shantou 分離株 A/goose/Shantou/2086/2006など) (バリンからイソロイシンへ変異)
amino acid at position 225-
G225D ( Vietnam分離株 A/Vietnam/1203/2004など) (グリシンからアスパラギン酸へ変異)
amino acid at position 226-
Q226L ( Vietnam分離株 A/Vietnam/1203/2004) (グルタミンからロイシンへ変異)
amino acid at position 227-
S227R (Shantou 分離株 Qinghai分離株 A/goose/Shantou/2086/2006など) (セリンからアルギニンへ変異)
or
S227N（Turkey & Vietnam分離株 A/turkey/Kfar Warburg/1224/03 A/Vietnam/1203/2004など、この株は、H9N2 とH5N1とがミックスしたものといわれている。） (セリンからアスパラギンへ変異)
amino acid at position 228-
G228S ( Vietnam分離株 A/Vietnam/1203/2004 など) (グリシンからセリンへ変異)
amino acid at position 230-
M230I （Egypt分離株 Qinghai分離株 Zhejiang分離株 A/Egypt/12374-NAMRU3/2006 A/duck/Zhejiang/bj/2002( など ） (メチオニンからイソロイシンへ変異)
参考「H5N1 Fujian Cleavage Site Evolution」
「OIE Hong Kong Report 」
「Hunan H5N1 Has Multiple Receptor Binding Domain Changes 」
「A list of relevant mutation position 」
「H5N1 genetic structure」
「If anyone one is interested in the progress of H5N1 from sources doing histology 」
「Qinghai H5N1 Receptor Binding Domain Changes In Middle East」
なお、以下は番外であるが、ヒト感染H5N1ウイルスで、タミフル服用によってタミフル耐性が生じうる変異としては、下記のものがある。
R152K(ポジション152でのアルギニンからリシンへの変異、N1)( B/Memphis/20/96 など)
H274Y(ポジション274での、ヒスチジンからチロシンへの変異、N1) (A/Texas/36/91など)、
N294S(ポジション294でのアスパラギンからセリンへの変異、N1) （ Qinghai株に、この変異が見られたとされているが、公式の発表はないようだ。）
なお、このサイト「Seasonal & Pandemic Influenza」によれば、日本の場合、E119V,R292K,N294Sの変異は、H3N2ウイルスに対して、18パーセントの小児が耐性を示し、H274Yの変異は、H1N1ウイルスに対して、18パーセントの小児が耐性を示したとされる。
ウイルスごとの更なる詳細な遺伝子配列については、「The Influenza Sequence Database」をご参照
たとえば、これに、ウイルス名「A/Bar headed goose/Qinghai/1A/2005 」を入力すると、Raw Sequenceが得られる。
これによって得られた「Raw Sequence」を「amino acids」配列で見るには、さらに、「Sequence Manipulation Suite」や「Translation of DNA to an Amino Acid Sequence」や「BCM Search Launcher」や「Translate a DNA Sequence」や「Translation of DNA to an Amino Acid Sequence」などのTranslationにかける必要がある。
「Raw Sequence」のTranslationには、「Geneious 」など、フリーソフトのダウンロードによっても、可能である。
6.日本の鳥インフルエンザ・ワクチンのクレード2対応は、始まったばかり
なお、現在のH5N1のワクチン対応は、交差反応性にしたがって、次の分類によるクレード(系統分岐)対応となっている。
クレードごとの遺伝子配列の違いは、このサイト「Evolution of H5N1 avian influenza viruses in Asia」をご参照
�．�レード1
-ヴエトナムを中心とした東南アジア
�▲�レード2
サブ・クレード��
-インドネシア
サブ・クレード��
-青海株−中国西部、韓国、ロシア、モンゴル、カザフスタン、ヨーロッパ、中東、アフリカ、インド、アフガニスタン
サブ・クレード��
-福建株−中国南東部、香港・ラオス・マレーシア・タイなどの東南アジア
参照「Qinghai H5N1 Confirmed On South Korean Farms」
これまで、日本のH5N1ワクチンは、ベトナム株をもとにしたクレード1対応としてきたが、昨年秋に、クレード2対応ワクチンとして、インドネシア株をもとにしたクレード2 対応ワクチン開発を決め、国立感染研究所で対応済みである。
世界的には、クレード2は、上記のように、さらに、サブクレード�記供´掘，忘拱�化し、対応するようになっている。
昨年秋の日本のクレード2対応ワクチンは、このうちのサブクレード�蟻弍�ワクチンのようである。
しかし、これが、クレード2 サブクレード�兇函▲�レード2 サブクレード�靴砲弔い討睛�効であるかどうかについては、検証されていないようだ。
アメリカも、昨年11月、クレード2対応に切り替え、米国疾病予防センター(Centers for Disease Control and Prevention: CDC)から提供されたシードウイルスをもとに、Sanofi-Aventis（サノフィ-アベンティス）社が、アメリカ政府との契約の元に、H5N1クレード2のバルク濃縮液を製造している。
なお、このSanofi-Aventis（サノフィ-アベンティス）社傘下のサノフィ・パスツールのワクチンは、クレード１に属するヴェトナム株ウイルスを基に作成されているものであっても、クレード２に属するウイルスに対しても、効力があるとの説があるようだ。
参照「Bird flu vaccine may be more protective than thought」
追記 2007/01/14 おざなりの環境省の鳥インフルエンザ野鳥調査
環境省と宮崎県が、鳥インフルエンザの発生した清武町の養鶏場周辺約３キロ四方(2007年1月16日の朝のNHKでは、半径300メートルと報道されたが、環境省さんに確認したところ、半径3キロメートルのほうが正しいとのことであった。)を調査範囲として、野鳥の生息調査を実施したが、野鳥の大量死などの異常は見当たらなかったとしている。
このサイト参照
調査対象の野鳥は、確認した野鳥３２種のうち、マガモやツグミ、オオバンなど１５種の渡り鳥で、野鳥の種類や生息場所などを調べた結果、「野鳥に関しては普段の状況と変わりはなかった」という。
しかし、ここで問題なのは、「鳥インフルエンザの発生した清武町の養鶏場周辺約３キロ四方」を調査範囲としたということだ。
家禽は、半径10キロメートル以内移動禁止なのに、野鳥の調査は、何で、3キロ四方(半径3キロメートル)なの?っていう、素朴な疑問がわいてくる。
それに、今回の場合には、9.3キロ先に、野鳥の大集結基地の宮崎港の一ッ葉入り江があるのに、それを、問題視していないようなのである。
現場の地図は、このサイトからどうぞ。
左下の目盛りが移動制限の範囲である10キロの目盛りである。
地図の中心に「谷口孵卵場」というのが、今回の鳥インフルエンザの発生場所で、地図の右斜め上が、宮崎港の野鳥の飛来地である一ッ葉入り江である。
一ツ葉入り江の場所はこの地図である。
为翻译对汉语, 使用这
⇒http://translate.livedoor.com/chinese/
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