Sasayama’s Weblog


2009/05/02 Saturday

まちまちな新型インフルエンザ感染者数発表

Filed under: 未分類 — 管理人 @ 08:00:18

2009/05/02(Sat)
 
今朝のNHK報道では、世界の感染者数は596人(7時のニュース、5時のニュースでは、580人)としているが、WHO発表数字( laboratory confirmed human cases)では、5月1日19:00 GMT現在次のとおり365人である。

他の民放でも、同じような数字を使っているようである。

WHO発表数字との差は231人。

この違いは、おもにメキシコの数字である。
(その他、エクアドルなどの数字がWHOの数字には含まれていない。)

メキシコの数字は、メキシコ当局発表では感染者数300(最新358人) 死者数12人といわれているが、当局は感染疑い数が2500に達した時点で、感染者数を修正した。

参照
「Mexico: 300 confirmed swine flu cases, 12 dead」

死者数も、肺炎による死者を除いたという大儀名分で修正している。

しかし、実質メキシコでの感染者数は、2500人内外、死者は160人から170人以上ともいわれている。

参考
「Officials: H1N1 Not 1918 All Over Again」
「New Cases Of Probable Swine Flu In Michigan」
「In Mexico City, a second ‘pandemic’: rumors」
「Mexican authorities accused of initial cover up over swine flu 」

それにしても、天下のNHKなんだから、この辺のメキシコの感染者数の数字の変化の事情の説明は、補足説明あってしかるべきなのだが。

今朝のNHKの報道では、感染者数は、メキシコ当局発表の数字、死者数は、WHOの数字と、使い分けてしまっている感じがするんだが。

WHO発表の数字

United States 141 (死者1)
Mexico 156 (死者9)
Austria 1(死者0)
Canada 34(死者0)
Hong Kong, 1 (死者0)
Denmark 1(死者0)
Germany 3(死者0)
Israel 2(死者0)
Netherlands 1 (死者0)
New Zealand 3(死者0)
Spain 13(死者0)
Switzerland 1(死者0)
United Kingdom 8(死者0)

NHKの5時のニュース

WHOの発表

 

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2009/05/01 Friday

舛添厚生労働大臣のフライング記者会見を責める

Filed under: 未分類 — 管理人 @ 17:49:57

2009/05/01(Fri)
 

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うーん。

結果、世間にさらされたかたちの横浜の高校生、新型インフルエンザ陰性との判断の記者会見には、当の大臣はあらわれず、当事者でないことを強調するばかりの名も知れない担当官(厚労省の担当室長だそうだが、それにしてもひとごとのような会見ぶりでしたね。ある報道によれば、「大臣は自分に都合の悪い話になると表に出てこない」(中堅職員)なんて声が省内にあるというのだが)のそっけない終息記者会見。

むしろ、こういうときこそ、大臣は、現れて、今後の油断しない体制作りへの大臣としての覚悟を述べ、これをチャンスにして、国民に理解を得る必要があるのでは?

テレビには、解説者として、日頃、鳥インフエンザの危機をオーバーに言い立てる感染研の女史が、「よかったですね」だと。

ほんとうかいな?

それにしても、一体、けさ未明の舛添厚労相の記者会見は、なんだったのかな?

まあ、新型インフルエンザをもパフォーマンスに使おうという魂胆丸見えと見れば、よくわかるストーリーなのだが—

おまけに中田横浜市長には、「(市から厚労省に)遺伝子を調べるPCR検査は解析不能との答えがあった後、電話が通じなくなった。組織として危機管理の体をなしていない」と八つ当たり。

一方の中田市長のほうは、「国民に落ち着くよう呼び掛けているのだから、まず大臣自身が落ち着いた方がいい」と述べ、不快感を示したという。

今となってみれば、中田市長のほうが、正解だったということかな?

双方の話を継ぎ合わせていけば、深夜の大臣記者会見の時点で、横浜市はウイルスの解析不能という状態であったにもかかわらず、舛添厚労相は、パフォーマンス記者会見を強行し、その解析不能の情報があることを記者から突かれた大臣が、横浜市との連絡不能を言い訳にした、ということなのだろう。

こんな舛添厚生労働大臣のハアハアぶりを見ると、これからは、厚生労働大臣には、医者を登用してもらいたい気がした。

参考

男子高校生陽性反応後の経過

 <30日>

10時   市内医療機関の簡易検査で陽性反応

12時   市衛生研究所で検査開始

20時   2回の遺伝子検査で明確な結果出ず。市衛生研が国立感染症研究所に相談の電話をするが、連絡取れず

21時   市から厚労省に「感染研に相談しているがつながらない。A型だが、(新型かは)はっきり分からない」と説明。厚労省は渡航歴や症状などから「疑似症」(疑い例)と回答

21時半  厚労省から市に「疑似症なら国内初なので発表しなければならない」と連絡

      市健康福祉局から市安全管理局当直に「新型インフルエンザの可能性もある。単なるインフルエンザの可能性もある。今(3回目の遺伝子検査で)調べている」と連絡。当直から危機管理監らに連絡

22時   市が疑似症発生届を厚労省に提出

22時6分 危機管理監から市長に連絡

23時半  市は2回の遺伝子検査結果と、3回目の検査の途中段階の状況を厚労省に伝える

 <1日>

0時40分 3回目の検査結果が出るが、新型か不明。その後、テレビで報道され、市に報道機関から電話が殺到、対応しきれず電話を取らず

1時35分 舛添厚労相が会見。市の対応批判

 

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今回のH1N1新型インフルエンザの遺伝子配列

Filed under: 未分類 — 管理人 @ 06:57:34

2009/05/01(Fri)
 
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NCBIのこのサイト
「Influenza Virus Resource」
で今回のH1N1新型インフルエンザの遺伝子配列を見ることができます。

強毒性にかかわるシーケンスは、

開裂活性化部位はHA、

サイトカインストームに関わる部位は、PB2とNS1 

です。

ここでは、8フラグメント(PB2 PB1 PA HA NP NA MP NS )の全部のシーケンスが解析されているウイルスは、
Influenza A virus(A/California/04/2009(H1N1))
だけのようですね。

8フラグメント(PB2 PB1 PA HA NP NA MP NS )の意味するところは、下記のとおりです。

polymerases (PB2, PB1, PA)

haemaglutin (HA)

nucleoprotein (NP)

neuraminidase. (NA)

matrix protein (MP)

nonstructure gene (NS)

なお、ウイルスの遺伝子シーケンスを、だれでも、フリーで知るには、「FluGenome」の
「Influenza A Virus Genotype Tool」
や
「Influenza A Virus Genotype Tool」などがある。

また、このシーケンスを遺伝子音楽にしたものが
このサイトで聞くことができます。

なんやら、アジアの寺院で民族楽器での演奏を聞くような雰囲気で。

となると、このウイルス、ユーラシア系なんでしょかね?

余裕ですね。

こちらのサイトから電子音楽がきけるソフトがダウンロードできますので、下記に記載のシーケンスをそのままコピペして入力してください。

参考サイト
「Swine Flu Gene Sequence Registry」

「Swine Flu Gene Sequence, Turned Into Music」

「“Swine Flu Hemagglutinin”: amino acid sequence as ambient music」

参考
翻訳後のInfluenzaAvirus(A/California/04/2009(H1N1))の8フラグメント(PB2PB1PAHANPNAMPNS)ごとのシーケンス一覧

PB2

“MERIKELRDLMSQSRTREILTKTTVDHMAIIKKYTSGRQEKNPA
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HA

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VLIGGLEWNGNTVRVSENIQRFAWRNCDENGRPSLPPEQK”

以上

 

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2009/04/30 Thursday

タイミングよく昨日のPNASに発表されたハイブリッド・ウイルスに関するダニエル・ペレツ氏らの論文

Filed under: 未分類 — 管理人 @ 22:09:50

2009年4月30日
 

豚インフルエンザ問題の渦中で、偶然か、タイミングよく、メリーランド大学のダニエル・ペレツ(Daniel Perez)氏らのハイブリッド・ウイルスに関する論文がPNAS(The Proceedings of the National Academy of Sciences)の2009年4月29日号に発表された。

題名は「Minimal molecular constraints for respiratory droplet transmission of an avian–human H9N2 influenza A virus」
で
次で読むことが出来る
Abstract(PDF)

Full Text (PDF)

概要、次のとおりである。

インフルエンザがパンデミックになるには、インフルエンザ・ウイルスの種間の伝送が必要になり、それには、新しい血球凝集素(HA)のサブタイプが新しい宿主に適応しうるように、遺伝子再集合や点(突然)変異が必要になる。

そして、呼吸器からのエアゾール化した飛まつによって、インフルエンザ・ウイルスは、伝達される。

1957年と1968年の二つのパンデミックは、低病原性の鳥インフルエンザとヒト・ウイルスとの再集合に起因するものであった。

しかし、そのパンデミックにいたるコンディションについては、あまり理解されていなかった。

そこで、メリーランド大学研究グループは、鳥インフルエンザ・ウイルスであるH9N2に風土的な状況を付与し、ユーラシアにおけるヒト状レセプター特性のもとに、フェレットを使って、鳥とヒトとのウイルスを再集合させたハイブリッド・ウイルスが、フェレットにどう感染しうるかを調べた。

この実験で示されたのは、鳥とヒトとのウイルス再集合のハイブリッドのウイルスは、内部にH3N2のヒト・インフルエンザ遺伝子を持ち、表面にあるたんぱく質は、H9N2鳥インフルエンザウイルスの遺伝子を持ったものであったが、この表面上のたんぱく質の存在によって、容易に、種間を乗り越え、感染することがわかった。

このようなことから、インフルエンザ・ウイルスの種間の伝送に必要な変異は、ごく2-3の変異でよく、それによって、容易に、種間の伝送は、達成されるとの結論を、研究グループ゜は出した。

このことは、現在問題の豚インフルエンザについても、おなじ様なことが言えるという。

一般に、ヒト→ヒト感染や鳥→鳥感染など同じ種間の感染が容易に行われるのは、それぞれの種の免疫系が、過去に曝露されたウイルスと同じものかどうかを記憶しているところから生まれているためという。

その伝送の中間に、豚のような、鳥ウイルスとヒトウイルスとの両方の宿主となる種が介在すると、ハイブリッドの鳥・ヒト・ウイルスを生むことになり、これらのハイブリッドウイルスは、ヒトに感染は出来るが、それらの表面上に持つたんぱく質によって、免疫反応から逃れることが出来るのだという。

 

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新型インフルエンザのフェーズは2-3日のうちにフェーズ6になるとのニーマン博士の見通し

Filed under: 未分類 — 管理人 @ 16:32:54

2009/04/30(Thu)
 
例によってもニーマン博士の見方だが、今日4から5へ格上げした新型インフルエンザのフェーズは2-3日のうちにフェーズ6になるとの見通しをしている。

もっとも、博士によると、深刻なのは、今年の夏以降だという。

というのは、夏から秋にかけて、本来の季節ヒト・インフルエンザの季節と重複するからであるという。

これらの危機をむかえるに必須なのは、一日も早い今回のウイルスのシーケンスの発表と、対応したワクチン製造の着手であるという。

ニーマン博士のビデオは、こちらから

もっとも、今回のニーマン博士、ちょっと精彩を欠くように見えるのは、私の気のせいでしょうかね?

やはりニーマン博士、豚よインフルエンザりも鳥インフルエンザのほうが得手なのでしょうかね?

 

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2009/04/28 Tuesday

「Smithfield工場が豚インフルエンザ発生元」との情報の出所は?

Filed under: 未分類 — 管理人 @ 19:07:15

2009/04/28(Tue)
 
null「豚インフルエンザ発生農場がスミスフィールド・フーズ社工場に関係している 」との情報が世界中を飛びまわっているようなのだが—-

その情報源は、「Peak Oil Entrepreneur」の4月25日のブログ記事
「Swine flu & Smithfield foods」
のようです。

このブログ記事の中で、筆者のPaula Hay氏がVeratect氏からのメールを紹介していることから、そもそも、始まっているようだ。

このメールでは、発生元はSmithfield社の子会社のGranjas Carroll というところで、その劣悪な環境から発生したものだと推定しているのだが、真偽のほどはなんとも、わからない。

メールの原文は下記のとおり。

「Residents [of La Gloria, Perote Municipality, Veracruz State, Mexico] believed the outbreak had been caused by contamination from pig breeding farms located in the area. They believed that the farms, operated by Granjas Carroll, polluted the atmosphere and local water bodies, which in turn led to the disease outbreak. According to residents, the company denied responsibility for the outbreak and attributed the cases to ‘flu.’ However, a municipal health official stated that preliminary investigations indicated that the disease vector was a type of fly that reproduces in pig waste and that the outbreak was linked to the pig farms. It was unclear whether health officials had identified a suspected pathogen responsible for this outbreak.」
概訳
「メキシコ・Perote州Perote自治区La Gloriaの住民は、今回の豚インフルエンザの大発生は、この地区に立地している養豚飼育農場からの汚染によって引き起こされたものと信じている。
この農場は、Granjas Carrollによって運営されていて、この地域の大気汚染や水域汚染を引き起こし、その結果、疾病の発生につながったと、住民たちは、見ている。
住民によれば、会社側は、今回の豚インフルエンザの発生の責任を否定しているという。
しかし、市の衛生担当官は、「予備調査においては、病原媒介者(disease vector) は、豚の汚物から発生したハエであり、豚インフルエンザの発生は、この養豚場にリンクしている 」と述べている。
市の担当官が、豚インフルエンザの疑いのある病原体をすでに識別しているのかどうかについては、はっきりしていない。」

この記事を、
「Biosurveillance 」
や
「Grist」という環境関連ブログ記事
「Swine-flu outbreak could be linked to Smithfield factory farms」
などで紹介したところから世界中に広まったようだ。

なお、これらの情報には前段があり、
メキシコの地元紙
「la jornada」
が、今月4月6日と4月12日にこの問題を取り上げ、すでに、2月時点で、住民のインフルエンザ感染があったとの報道がされている。

また、酸化池(oxidation lagoon)からのハエの発生はものすごく、さらに、酸化池からの処理水の地下への浸透が、地下水汚染を招いているとしている。

すでに2月はじめに3000人いる住民の60パーセントに当たる1800人がインフルエンザに感染していたとしている。

症状としては、高熱、筋肉痛、関節痛、頭痛、嘔吐、下痢であったという。

症状は、急速に訪れ、住民たちは、寝込むばかりであったという。

2月はじめ以降、この地区で、三人のこどもが死亡したが、メキシコ当局が過日発表したのは、その中の4歳の子供だけであった。

この記事の時点(4月6日)で、400人が保護されているが、依然として、肺炎・呼吸器症状はやんでいないようだ。

今年3月のはじめ、地域の医療関係者が、ハエの殺虫、地域の家屋のくん蒸消毒と全住民へのワクチン接種をしたという。

参考 4月6日の「la jornada」の記事
「Granjas Carroll provoc醇p la epidemia de males respiratorios en Perote, seg醇O agente municipal」

4月12日の「la jornada」の記事
「En Veracruz, oponerse a operaci醇pn de Granjas Carroll se castiga con c醇@rcel」

これが事実だとすると、メキシコ政府が対策に乗り出す2ヶ月以上も前に、豚インフルエンザ感染者が発生していたということになり、未発症感染者は、メキシコ政府の対策開始時点では、すでに、相当な数に達していたと推測される。

なお、スミスフィールド・フーズ社の豚肉は、日本でも、住商フーズ株式会社等で輸入しており、ヨークベニマルや住友商事の子会社「サミット」などで扱われ、また、外食では大戸屋や豚カツ専門店「いなば和幸」「かつ浜」「株式会社食研」などでも扱っているようだ。

参考
「Mexican Government Lying About Swine Flu」


Swine Flu H1N1 Pandemic Pandemonium Origin - Funny videos are here


Swine Flu Impact - What Stocks to Watch - Bloomberg - The most popular videos are here

 

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2009/04/26 Sunday

肝心のポイントがまだわかっていないメキシコ・カリフォルニアのH1N1豚インフルエンザ問題

Filed under: 未分類 — 管理人 @ 12:34:36

2009年4月26日
 
null
先週末(4月24-25日)あたりから、2007/02/13 に書いた私のブログ記事「H5N1鳥インフルエンザ・ウイルスに対して、H1N1ウイルスのN1部分に対する自然免疫が、効果を発揮しているとの学説」に多くのアクセスをいただいている。

おそらく、今回のメキシコ・カリフォルニアの豚インフルエンザがH1N1であることが確定したため、GoogleなどでH1N1と検索すると、私のこの記事がトップに出てくるがためと思われる。

それほど H1N1は、これまでは、H5N1に比べれば、あまりにハームレスなウイルスと思われていたのだろう。

見事、ウイルスは、ヒトの意表をつく行動をしたようだ。

ポイントは、おおむね次の点が上げられるのだが、いずれも、現時点では、はっきりしていない。

ポイント1.
このH5N1豚インフルエンザA型(A/California/04/2009)が、人・豚・鳥などの三種類の宿主を持つ豚インフルエンザ・ウイルス(Triple reassortant swine influenza viruses )なのかどうか?

ポイント2.
タミフル耐性やヒトへの劇症性をもたらす変異がウイルスの遺伝子シーケンス(遺伝子が転写・翻訳されてタンパク質になったときのアミノ酸配列)に見られるか?
H274Y(274番目におけるH(ヒスチジン)からY(チロシン )への変異)が、タミフル耐性の変異といわれているが、今回は、どうだったのか?
(備考-H1N1ウイルスにおけるH274Y変異がタミフル耐性とヒトへの劇症性をもたらすことについては、Vries E, Berg B, Schutten Mの「Fatal Oseltamivir-Resistant Influenza Virus Infection」の研究などで示されている。WHOによれば、世界12カ国のH1N1の31パーセント(昨年の数値)は、H274Y変異によるタミフル耐性を持っているとしている。)

ポイント3.
H5N1との親和性をもちうる変異がH1N1ウイルスの遺伝子シーケンス(遺伝子が転写・翻訳されてタンパク質になったときのアミノ酸配列)に見られるか?
「Antigenic and genetic characterization of swine influenza A (H1N1) viruses isolated from pneumonia patients in The Netherlands.」に見るように、2001年には、オランダにおいて、劇症性をもたらすH1N1の変異があった。
ヨーロッパの豚ウイルスの変異は、S31N(M geneにおける31番目でのSからNへの変異)とS228N(228番目でのS(セリン)からN(アスパラギン )への変異)などであり、特に、S228N変異は、H1N1にかかった豚が、H5N1との親和性を示すポジションでの変異であるといわれている。
なぜなら、H1N1とH5N1との遺伝子シーケンスが一致するポジションは、S227N以降の下流領域であるがために、H5N1は、S227Nの変異があってもなくても、新たなシーケンスを獲得することになり、このシーケンスをH5N1が獲得することによって、H5N1は、より容易に、ヒトへの感染を容易に出来るからだとされている。
(参照「GM Foods to be used as bio terror weapon against Muslims?」)
今回のウイルスの場合はどうか?
(備考-ウイルスの「受容体結合ドメイン」(receptor-binding domain )(RBD)での変異が、ヘマグルチニンをヒト受容体に結合し易くし、人への感染の容易さを決定づけているとされている。
このreceptor-binding site(RBD)は、HAによってamino acids position の何番目に位置するかが異なっているとされている。
HAごとの受容体結合ドメインの位置比較などについては、このサイト「Avian H5: are humans an easy target? 」などをご参照)

ポイント4.
ポイント3とも、関係するが、後記に見るように、H1N1には、前記のオランダのようなクラシカルなタイプのH1N1と、アメリカでの1998年以降の新しいタイプのH1N1とがあるが、今回のメキシコ・カリフォルニアのH1N1は、そのどちらのタイプなのか?

しかし、外電を見る限り、WHOすら、まだ、このいずれの点も把握出来ていないようだ。

報道は報道で、ただ、ひたすら、死者の数のみをあおるほどに報道しているのみである。

また、特に、メキシコにおける検査体制、あるいは、メキシコとアメリカとの国境地帯での検問体制がどうなっているのかが、非常に心配である。

ボーダー・サーベイランスは果たして行われているのだろうか?

今日になって、アメリカ下院議員の Eric Massa 氏が、はじめて、自体が落ち着くまで、メキシコとの国境を封鎖すべしとの要求を国にしたようだ。

この点では、鳥インフルエンザに関しては、先進的な経験があるインドネシアやヴェトナムのほうが、早期体制としては、より整っているようにも、見えてしまう。

ここに、CDCから昨年9月に発表された論文
「Human Case of Swine Influenza A (H1N1) Triple Reassortant Virus Infection, Wisconsin」がある。

この論文では、1998年以来、アメリカで、人・豚・鳥の三種類の宿主を持つ豚インフルエンザ・ウイルス(Triple reassortant swine influenza viruses )が、発見されていることに注目している。

この研究では、特に、2005年12月7日に、17歳の少年が呼吸器疾患となったが、その原因がH1N1であったケースに注目している。

この少年は、2005年11月11日に不活化インフルエンザワクチンの接種を受けていたという。
2005年12月8日に、外来診察を受けたときには、鼻水の採取により、ラピッド・テスト(Binax社の検査キット)を行い、インフルエンザA型と判定されたという。

さらに検体をウィスコンシンのWSLHに送り、PCR検査をしたところ、インフルエンザ型ではあるが、ヒト・インフルエンザのH1.H3.H5.H7.H9については、ともに陰性であった。

このことから、このウイルスは、A/Wisconsin/87/2005H1N1 と名付けられた。

さらに、家族についても検査を進めたところ、大体の家族が、抗体反応において、H1抗体反応では、ヒト・インフルエンザA型のH1.H3.についても、豚インフルエンザH1N1にたいしても、陰性を示したが、1人については、B型ウイルス(B/HongKong/330/2001)に対して、通常の4倍の高抗体価を示した。

これらのことから、このウイルスが人・豚・鳥の三種類の宿主を持つ豚インフルエンザ・ウイルスであると、CDCは判定した。

また、「Isolation and genetic characterization of new reassortant H3N1 swine influenza virus from pigs in the midwestern United States.」では、1998年にH3N2豚インフルエンザウイルスがアメリカで確認されて以来、H1N1とH3N2とで、新しい形のH1N1が生まれ、これが、2004年には、新しいタイプのH3N1(A/Swine/Minesota/00395/2004)を生み、その後、新H3N2を生んできたとされる。

それ以降、これらの新H1N1と新H3N2とH1N2とが、アメリカの豚ウイルスとして、循環してきたとされている。

H3N1は、新H1N1と新H3N2とのコンビネーションによって生まれたものとされる。

したがって、今回のアウトブレークにいたるまでの、アメリカの豚間での静かなる循環が行われていたと見る向きもあるようだ。

では、今回のメキシコ・カリフォルニアにおけるH1N1(A/California/04/2009)は、人・豚・鳥の三種類の宿主を持つ豚インフルエンザ・ウイルスなのだろうか?

肝心のことは、まだ何もわかっていないようだ。

WHOでは、現在をフェーズ3段階といっている(追記-2009/04/28にWHOはフェーズ4に格上げ)が、現在の状況からみると、海外の識者の中には、すでに、フェーズ6段階に達していると見る向きもある。

最新情報は、こちらのサイト「FluTracker」からどうぞ。

参考
1.WHOが発表しているカリフォルニアのウイルス(A/California/04/2009)の概要

• HA:
SequenceID: EPI176470
SequenceName: 2009712049_seg4
Length: 1701
Isolate: A/California/04/2009
• NA:
SequenceID: EPI176472
SequenceName: 2009712049_seg6
Length: 1410
Isolate: A/California/04/2009
• M:
SequenceID: EPI176471
SequenceName: 2009712049_seg7
Length: 972
Isolate: A/California/04/2009
• PB2:
SequenceID: EPI176486
SequenceName: 2009712049_1
Length: 2280
Segment: PB2
1 http:// …. Link to the first

Proteins: N/A
Isolate: A/California/04/2009
• PB1:
SequenceID: EPI176485
SequenceID: 2009712049_2
Length: 2274
Segment: PB1
Proteins: N/A
Isolate: A/California/04/2009
• PA:
SequenceID: EPI176484
SequenceName: 2009712049_3
Length: 2151
Segment: PA
Proteins: PA (716aa)
Isolate: A/California/04/2009
• NP:
SequenceID: EPI176482
SequenceName: 2009712049_5
Length: 1497
Segment: NP
Proteins: N/A
Isolate: A/California/04/2009
• NS:
SequenceID: EPI176483
SequenceName: 2009712049_8
Length: 838
Segment: NS
Proteins: N/A
Isolate: A/California/04/2009

2.今回、これまで、メキシコ・アメリカで採取されたH1N1(採取日順)
��A/California/05/2009 9F 2009-03-30
��A/California/04/2009 10M 2009-04-01
��A/California/07/2009 54M 2009-04-09
��A/Texas/04/2009 16M 2009-04-14
��A/Texas/05/2009 16M 2009-04-15
��A/California/09/2009 7M 2009-04-15
��A/California/06/2009 41F 2009-04-16
「Likely Swine Flu In Auckland New Zealand Students」より

追記 2009/0501

その後のウイルス遺伝子解説の結果がわかってきた。

変異についてみると、次のとおりである。

��M2におけるS31N 変異
アマンタジン、リマンタジンへの耐性がみられる。

��H274Y 変異は見られなかった。

参考
「Tests Outline Swine Flu Resistance Pattern」

「Morbidity and Mortality Weekly Report 」の
「Drug Susceptibility of Swine-Origin Influenza A (H1N1) Viruses, April 2009」


OMS Emite Protocolo Para El Virus A H1N1 El Universal M醇Pxico - Click here for more free videos
 

OUTBREAK OF FLU NOT JUST SWINE BUT A GENETICALLY MANUFACTURED STRAIN - Click here for this week’s top video clips

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2009/02/27 Friday

ウズラのH5N1感染・死亡例は、ありますよ。

Filed under: 未分類 — 管理人 @ 19:04:12

 
null
愛知県が2月27日、高病原性鳥インフルエンザ(H7N6)が検出されたと発表したことに対して、発生元の愛知県豊橋市のウズラ農場経営者の男性(68)は「県の『陽性』との判断は納得がいかない」「県の勇み足だ」とし、さらに、「ウズラの鳥インフルエンザに関するデータは無いはずなのに、ニワトリと同様に検査し、陽性と判断している。それで処分だというのはおかしい」としているのだが。

じつは、ウズラの鳥インフルエンザ感染については、いろいろな研究がされている。

このサイト「Quail May Be Key Link in Spread of Bird Flu」は、メリーランド大学のダニエル・ペレツ博士の研究を紹介したものだが、これによると、ウズラは、東南アジアにおいて、鳥インフルエンザ拡大の重要な役割を果たしているという。

すなわち、ウズラは、鳥インフルエンザの14の異なったStrain(H2.H7.H9が、この場合、多いという。)を運んでいるとし、厄介なことに、ウズラ自体は、鳥インフルエンザに感染しても、症状を示さないことが多いので、長期間にわたって、ウイルスを広めてしまう役割をしてしまうという。

(今回の豊橋市のウズラのH7鳥インフルエンザ感染について、共同通信が次のような書き方(「ウイルスはH7型で、農場でウズラがほとんど死んでいないことから感染力の弱い弱毒性とみられ、愛知県と同省は感染拡大の可能性は小さいとみている。」)をしているが、この意味で、正確ではない。
また、2009/02/28朝日新聞朝刊2面の「ニュースがわからん! 鳥インフル、「H5」や「H7」って?」でも、「ウズラはウイルスに敏感と言われてるのに今回は1羽も死んでいない」との記述があるが、上記の「ウズラの鳥インフルエンザに感染しても、症状を見せにくい特性について、見逃した記事の書き方をされているのには、気になる。)

さらに、感染したウズラのウイルスは、哺乳類に感染しやすい分子的特性をもっているという。

つまりウズラは、鳥にも哺乳類にも適応しうるレセプターをもっているため、このことから、ウズラは、”Mixing Vessel Model”(混合容器モデル)といわれているようだ。

このウズラ感染媒介説については、H9についてのものだが、このサイト「Role of Quail in the Interspecies Transmission of H9 Influenza A Viruses: Molecular Changes on HA That Correspond to Adaptation from Ducks to Chickens」の、St. Jude Children’s Research Hospital の研究もある。

これは2002年発表のものだが、この研究は、1970羽のアヒルについて、H9ウイルスが、鶏とウズラにどう複写・伝達されるかをテストしたものだが、ここでは、ウズラは、鶏よりも、これらのウイルスの影響を受けやすく、HA遺伝子が、容易に複写・伝達されることがわかったという。

その理由として、アミノ酸配基列において、ウズラは、7つのポジションにおいて、アヒルと鶏の中間のポジションに位置しているところから、ウズラから鶏へのH9感染は、容易であると結論付けている。

一方、2006年発表のShantou University Medical College(汕頭大学医科大学)等の共同研究「Evolution and Molecular Epidemiology of H9N2 Influenza A Viruses from Quail in Southern China, 2000 to 2005」では、中国南部において、2000年から2005年にかけて、H9N2に呼吸器感染したウズラが、4つのChicken/Beijing/1/94 (Ck/Bei-like) と16のQuail/Hong. Kong/G1/97 (G1-like)との二種のウイルスの遺伝子型を持ち合わせていたところから、当初、Quail/Hong. Kong/G1/97 (G1-like)に感染したウズラが、Chicken/Beijing/1/94 (Ck/Bei-like)に変異し、そのChicken/Beijing/1/94 (Ck/Bei-like)が、ウズラを経て、家禽に感染したのではないかとしている。

さらに、ウズラにおけるH9N2とH5N1との関係が、H5N1の感染を広めたのではないかとの推測もしている。

では、H5N1についてはどうかというと、このサイト「Bird Flu Outbreak In Quail Farm In South Korea」のように、2006年12月に、韓国の金堤市(Kimje)の27万飼養のウズラ農場で、三千羽が死亡した例があるほか、クゥエイトやインドネシア、タイでも感染例がある。

特に、タイでは、2005年7月に、十二万二千羽のウズラが死亡したとされている。

また、中国では、2002年の湖南省での感染例(A/quail/yunnan/092/)や、2005年から2006年にかけて、貴州でのウズラ感染例がある。

アメリカでは、2005年11月に、サンバレーで、H5N1ではないが、低レベルでの感染例がある。

 

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2009/01/07 Wednesday

北京でH5N1感染死亡女性についての詳細情報

Filed under: 未分類 — 管理人 @ 20:16:56

2009年1月7日
 
女性は、1月6日に死亡したが、死亡前に接触していたのは河北省三河市燕郊行宫市場からの鴨肉であったとして、今日から、当局による消毒作業が始まっている。

このサイト「河北三河市尚未发现禽流感疫情」では、その模様がうかがわれる。

死亡したのは、19歳の女性で、名前を「黄燕清」といい、住まいは、北京市朝阳区三间房で、2008年12月24日に発病し、12月27日に症状が重くなったので、入院し治療していたが、2009年1月5日午後7时20分に死亡したという。

なお、この女性に接触した人間は、116名いるという。

内訳は、家族親戚が14人、病院関係者が102人である。

このうち、1人の看護婦が発熱したが、すでに平熱に戻っているという。

他の115名については、格別の症状はないようだ。

黄燕清さんは、昨年末12月19日に、河北省燕郊秦宮市場で、同郷の福建省出身の二人と鴨9羽を生きたまま買い、市場で絞めたあと、家で鴨の内臓を洗い、同郷者など、9名で、食べたという。

今回の北京でのH5N1は、ワクチンが効きにくいクレード7ではないかとの疑念が、関係者にはあるようだ。

いっぽう、、ヴェトナムでも、1月7日に、8歳の少女がH5N1に感染したとのことである。

この少女は、昨年末の12月27日に発症し、今年になって、1月2日に入院したが、1月3日に検査の結果A/H5N1 感染と診断された。

 

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2008/05/17 Saturday

日韓のH5N1ウイルス比較

Filed under: 未分類 — 管理人 @ 08:34:35

2008/05/17(Sat)
 
例によってのニーマン博士の分析なのだが。

韓国における今回のH5N1ウイルスは、クレード2.3.2であり、ヘマグルチニン開裂部位のアミノ酸配列が「RERRRKR」であり、福建株のA/common magpie/Hong Kong/645/2006 (A/CM/HK/645/06)
である可能性が強いとしている。

また、日本における今回のH5N1ウイルスも、クレード2.3.2であり、これも、福建株である可能性が強い、としている。

これらのことから、一昨年から昨年初頭にかけて、韓国と日本の宮崎で起きた青海株であるクレード2.2の伝播と同じ経路を、福建株であるクレード2.3がたどっているように見えるとしている。

青海株であるクレード2.2が、ヨーロッパ・中東・アフリカを経て、クレード2.3.2に置き換わり、そして、今回、韓国→日本→アラスカへと、その地理的範囲を拡大しようとしている、と、見ている。

(ちなみに、2000年から2001年に見られたのが、RDRRRKKR, IERRRKKR, GERRRKKR.であった。

2003年にかけて、香港株に見られたのが、RERRRKKRであり、この配列は、2004年にヴェトナムやタイで見られた。

2003/2004年に見られたのが、REIRRRKKRや、RERRKKR(R欠如)または、RERRRKR(K欠如)である。

このRやKが欠如したウイルスは、その後、2003年から2004年に欠けて、中国、日本でみられた。

2004年になって、北ヴェトナムにも、このK欠如のウイルスが見られた。
また、2004年には、タイにおいて、そのうちのひとつのRがKにシフトしたREKRRKKR やRERKRKKRが見られた。

ここにきて、GERRRKKRの配列を持つ青海株が、シベリア、カザフスタン、クロアチア、ルーマニア、トルコ、Tulaなどに見られた。

しかし、モンゴルの白鳥では、それがGERRRRKR配列となり、また、湖南 では、その配列がRERRRRRとなっていた。

現在、人間への感染性の強いウイルスの開裂部位での配列は、RERRRKKR,
RERRKKR, RERRRR の三つであるとニーマン博士は言っているが、この最後の「RERRRR」については、ちょっと、真偽を確かめておく必要がありそう。「RERRRK」ではないのか?)

参考
「H5N1 Clade 2.3 in Japan Signals Global and Genetic Expansion」
「H5N1 Clade 2.3.2 in Korea Raises Pandemic Concerns」
「H5N1 subtype 」
「H5N1 HA Cleavage Site Evolution 」

備考
「H5N1 cleavage site options」より

most Asian HP(& Indo Karo cluster)aka “wild type” - RERRRKKR
Qinghai – GERRRKKR
Hunan - REGRRKKR
Hunan (2) – REGGRRKR
Hebei – REGGRKKR
Fujian - RERRRKR
most Indonesia mammals – RESRRKKR
Indo 2003 swine – RERRRIKR & RERRRIKK
Shanghai ducks – RDRRRKKR
Sudan – GEGRRKKR
Romanian chicken – GDRRRKKR
novel Europe – GERIRKKR, GERKRKKR, GEKRRKKR

unusual cleavage sites of H5N1 in 2005,2006:

GDRRRKKR A/chicken/Romania/4793/Tl/2005
GEGRRKKR A/chicken/Sudan/1784-10/2006
GEGRRKKR A/chicken/Sudan/1784-7/2006
GEGRRKKR A/chicken/Sudan/1784/2006
GEGRRKKR A/chicken/Sudan/2115-12/2006
GEGRRKKR A/chicken/Sudan/2115-9/2006
GERRRRKR A/whooper swan/Mongolia/3/05
GERRRRKR A/whooper swan/Mongolia/4/05
GERRRRKR A/whooper swan/Mongolia/6/05
GKRRRKKR A/Chicken/Egypt/5610NAMRU3-F3/2006
GKRRRKKR A/Chicken/Egypt/5611NAMRU3-AN/2006
KERRRKKR A/Thailand/HA20/2005
KERRRKKR A/Thailand/NKNP/2005
KERRRKKR A/Vietnam/CL105/2005
R——- A/chicken/Guiyang/3312/2005
R——- A/duck/Guiyang/3467/2005
R——- A/goose/Guiyang/3144/2005
RDRRR-KR A/duck/Guangxi/4200/2005
RE—-TR A/mallard/Italy/3401/2005
REGGRKKR A/chicken/Hebei/326/2005
REGGRRKR A/chicken/Hunan/2246/2006
REGGRRKR A/chicken/Hunan/2292/2006
REKRR-KR A/duck/Guangxi/4446/2005
REKRRKKR A/Thailand/NK165/2005
REKRRKKR A/chicken/Thailand/Kanchanaburi/CK-160/2005
REKRRKKR A/chicken/Thailand/Nontaburi/CK-162/2005
REKRRKKR A/chicken/Thailand/PC-170/2006
REKRRKKR A/quail/Thailand/Nakhon Pathom/QA-161/2005
RERR—- A/duck/Hunan/858/2006
RERR—- A/goose/Guiyang/3405/2005
RERR—- A/goose/Yunnan/4765/2005
RERRRK– A/duck/Guiyang/3000/2005
RERRRK– A/duck/Guiyang/3458/2005
RERRRK– A/goose/Guiyang/3120/2005
RERRRKKK A/duck/Vietnam/8/05
REXRRKKR A/Thailand/RPNP/2005
RVRRR-KR A/duck/Guangxi/3857/2005
SERRR-KR A/duck/Guangxi/951/2005