2008/05/17(Sat)
例によってのニーマン博士の分析なのだが。
韓国における今回のH5N1ウイルスは、クレード2.3.2であり、ヘマグルチニン開裂部位のアミノ酸配列が「RERRRKR」であり、福建株のA/common magpie/Hong Kong/645/2006 (A/CM/HK/645/06)
である可能性が強いとしている。
また、日本における今回のH5N1ウイルスも、クレード2.3.2であり、これも、福建株である可能性が強い、としている。
これらのことから、一昨年から昨年初頭にかけて、韓国と日本の宮崎で起きた青海株であるクレード2.2の伝播と同じ経路を、福建株であるクレード2.3がたどっているように見えるとしている。
青海株であるクレード2.2が、ヨーロッパ・中東・アフリカを経て、クレード2.3.2に置き換わり、そして、今回、韓国→日本→アラスカへと、その地理的範囲を拡大しようとしている、と、見ている。
(ちなみに、2000年から2001年に見られたのが、RDRRRKKR, IERRRKKR, GERRRKKR.であった。
2003年にかけて、香港株に見られたのが、RERRRKKRであり、この配列は、2004年にヴェトナムやタイで見られた。
2003／2004年に見られたのが、REIRRRKKRや、RERRKKR(R欠如)または、RERRRKR(K欠如)である。
このRやKが欠如したウイルスは、その後、2003年から2004年に欠けて、中国、日本でみられた。
2004年になって、北ヴェトナムにも、このK欠如のウイルスが見られた。
また、2004年には、タイにおいて、そのうちのひとつのRがKにシフトしたREKRRKKR やRERKRKKRが見られた。
ここにきて、GERRRKKRの配列を持つ青海株が、シベリア、カザフスタン、クロアチア、ルーマニア、トルコ、Tulaなどに見られた。
しかし、モンゴルの白鳥では、それがGERRRRKR配列となり、また、湖南 では、その配列がRERRRRRとなっていた。
現在、人間への感染性の強いウイルスの開裂部位での配列は、RERRRKKR,
RERRKKR, RERRRR の三つであるとニーマン博士は言っているが、この最後の「RERRRR」については、ちょっと、真偽を確かめておく必要がありそう。「RERRRK」ではないのか?)
参考
「H5N1 Clade 2.3 in Japan Signals Global and Genetic Expansion」
「H5N1 Clade 2.3.2 in Korea Raises Pandemic Concerns」
「H5N1 subtype 」
「H5N1 HA Cleavage Site Evolution 」
備考
「H5N1 cleavage site options」より
most Asian HP
Qinghai – GERRRKKR
Hunan - REGRRKKR
Hunan (2) – REGGRRKR
Hebei – REGGRKKR
Fujian - RERRRKR
most Indonesia mammals – RESRRKKR
Indo 2003 swine – RERRRIKR & RERRRIKK
Shanghai ducks – RDRRRKKR
Sudan – GEGRRKKR
Romanian chicken – GDRRRKKR
novel Europe – GERIRKKR, GERKRKKR, GEKRRKKR
unusual cleavage sites of H5N1 in 2005,2006:
GDRRRKKR A/chicken/Romania/4793/Tl/2005
GEGRRKKR A/chicken/Sudan/1784-10/2006
GEGRRKKR A/chicken/Sudan/1784-7/2006
GEGRRKKR A/chicken/Sudan/1784/2006
GEGRRKKR A/chicken/Sudan/2115-12/2006
GEGRRKKR A/chicken/Sudan/2115-9/2006
GERRRRKR A/whooper swan/Mongolia/3/05
GERRRRKR A/whooper swan/Mongolia/4/05
GERRRRKR A/whooper swan/Mongolia/6/05
GKRRRKKR A/Chicken/Egypt/5610NAMRU3-F3/2006
GKRRRKKR A/Chicken/Egypt/5611NAMRU3-AN/2006
KERRRKKR A/Thailand/HA20/2005
KERRRKKR A/Thailand/NKNP/2005
KERRRKKR A/Vietnam/CL105/2005
R——- A/chicken/Guiyang/3312/2005
R——- A/duck/Guiyang/3467/2005
R——- A/goose/Guiyang/3144/2005
RDRRR-KR A/duck/Guangxi/4200/2005
RE—-TR A/mallard/Italy/3401/2005
REGGRKKR A/chicken/Hebei/326/2005
REGGRRKR A/chicken/Hunan/2246/2006
REGGRRKR A/chicken/Hunan/2292/2006
REKRR-KR A/duck/Guangxi/4446/2005
REKRRKKR A/Thailand/NK165/2005
REKRRKKR A/chicken/Thailand/Kanchanaburi/CK-160/2005
REKRRKKR A/chicken/Thailand/Nontaburi/CK-162/2005
REKRRKKR A/chicken/Thailand/PC-170/2006
REKRRKKR A/quail/Thailand/Nakhon Pathom/QA-161/2005
RERR—- A/duck/Hunan/858/2006
RERR—- A/goose/Guiyang/3405/2005
RERR—- A/goose/Yunnan/4765/2005
RERRRK– A/duck/Guiyang/3000/2005
RERRRK– A/duck/Guiyang/3458/2005
RERRRK– A/goose/Guiyang/3120/2005
RERRRKKK A/duck/Vietnam/8/05
REXRRKKR A/Thailand/RPNP/2005
RVRRR-KR A/duck/Guangxi/3857/2005
SERRR-KR A/duck/Guangxi/951/2005