2009/05/01(Fri)
NCBIのこのサイト
「Influenza Virus Resource」
で今回のH1N1新型インフルエンザの遺伝子配列を見ることができます。
強毒性にかかわるシーケンスは、
開裂活性化部位はHA、
サイトカインストームに関わる部位は、PB2とNS1
です。
ここでは、8フラグメント(PB2 PB1 PA HA NP NA MP NS )の全部のシーケンスが解析されているウイルスは、
Influenza A virus(A/California/04/2009(H1N1))
だけのようですね。
8フラグメント(PB2 PB1 PA HA NP NA MP NS )の意味するところは、下記のとおりです。
polymerases (PB2, PB1, PA)
haemaglutin (HA)
nucleoprotein (NP)
neuraminidase. (NA)
matrix protein (MP)
nonstructure gene (NS)
なお、ウイルスの遺伝子シーケンスを、だれでも、フリーで知るには、「FluGenome」の
「Influenza A Virus Genotype Tool」
や
「Influenza A Virus Genotype Tool」などがある。
また、このシーケンスを遺伝子音楽にしたものが
このサイトで聞くことができます。
なんやら、アジアの寺院で民族楽器での演奏を聞くような雰囲気で。
となると、このウイルス、ユーラシア系なんでしょかね?
余裕ですね。
こちらのサイトから電子音楽がきけるソフトがダウンロードできますので、下記に記載のシーケンスをそのままコピペして入力してください。
参考サイト
「Swine Flu Gene Sequence Registry」
「Swine Flu Gene Sequence, Turned Into Music」
「“Swine Flu Hemagglutinin”: amino acid sequence as ambient music」
参考
翻訳後のInfluenzaAvirus(A/California/04/2009(H1N1))の8フラグメント(PB2PB1PAHANPNAMPNS)ごとのシーケンス一覧
PB2
“MERIKELRDLMSQSRTREILTKTTVDHMAIIKKYTSGRQEKNPA
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MP
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matrixprotein1(M1)
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NS
nuclearexportprotein(NEP)
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nonstructuralprotein1(NS1)
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